- Α΄ με 8 ομάδες σε ενιαίο όμιλο.
- Β΄ με 9 ομάδες σε ενιαίο όμιλο.
- Γ΄ με 8 ομάδες σε ενιαίο όμιλο.
- Πρωταθλητής, πρόκριση στο Πανελλήνιο πρωτάθλημα ποδοσφαίρου ανδρών 1948-1949.
- Ολυμπιακός.
- Σύνθεση: Στέλιος Κουρουκλάτος, Διονύσης Μινάρδος, Ανδρέας Μουράτης, Βαγιακάκος, Λουκιανός Γκιόκας, Μπάμπης Κοτρίδης, Άγγελος Βασιλειάδης, Χέλμης, Παπαγεωργίου, Γιάννης Βάζος, Αλέκος Χατζησταυρίδης, Δημήτριος Αποστολόπουλος, Στέλιος Χριστόπουλος, Βασίλης Ζαρκάδης, Γεωργάτος.
- Προπονητής: Θεολόγος Συμεωνίδης.
- Άνοδος από τη Β΄:
*Η Ελλάς Μοσχάτου από την επόμενη σεζόν μετονομάστηκε σε "Ένωσις Μοσχάτου".
**Ο Αχιλλεύς την προηγούμενη σεζόν υποβιβάστηκε και αρχικά ξεκίνησε να μετέχει στο πρωτάθλημα της Γ΄ κατηγορίας. Όμως, στη συνέχεια κέρδισε κάποια προσφυγή και απέκτησε το δικαίωμα να παραμείνει ως 9η ομάδα στη Β΄ κατηγορία, στην οποία εντάχθηκε τον Ιανουάριο του 1949 και ενώ είχε λήξει ο α΄ γύρος.[6]
- ↑ "Η κλήρωσις των αγώνων του πρωταθλήματος Δευτέρας Κατηγορίας της Εν. Πειραιώς", "Αθλητική Ηχώ, 25/10/1948.[νεκρός σύνδεσμος]
- ↑ "Αθλητική Ηχώ, 12/3/1949.[νεκρός σύνδεσμος]
- ↑ "Η Γ΄ κατηγορία Πειραιώς", "Αθλητική Ηχώ", 12/5/1949.[νεκρός σύνδεσμος]
- ↑ "15-1 είναι το σκορ της χθεσινής νίκης του Αρχιμήδους επί του Πειραϊκού. Ο νικητής ανεδείχθη πρωταθλητής Γ΄ κατηγορίας", "Αθλητική Ηχώ", 6/6/1949.[νεκρός σύνδεσμος]
- ↑ "Ο εφετινός πρωταθλητής της Γ΄ Πειραιώς. Η εκπληκτική δράσις του Αρχιμήδους", "Αθλητική Ηχώ, 4/7/1949.[νεκρός σύνδεσμος]
- ↑ "Αθλητική Ηχώ", 7/2/1949.[νεκρός σύνδεσμος]