Απλοομάδα

Στη μελέτη της μοριακής εξέλιξης, μία απλοομάδα (αγγλ. haplogroup) είναι μία ομάδα παρόμοιων απλότυπων που μοιράζονται έναν κοινό πρόγονο με μια ενιαία μεταλλαγή πολυμορφικής νουκλεοτίδας (SNP). Επειδή μία απλοομάδα αποτελείται από παρόμοιους απλότυπους, αυτό καθιστά μια απλοομάδα προβλέψιμη από τους απλότυπους. Μία δοκιμή SNP επιβεβαιώνει μία απλοομάδα. Οι Απλοομάδες συμβολίζονται τα γράμματα του λατινικού αλφαβήτου, και οι εξακριβώσεις αποτελούνται από τους πρόσθετους συνδυασμούς αριθμών και μικρών γραμμάτων. Π.χ. το αρχικό R γίνεται R1b1 με μεγαλύτερη ανάλυση του απλότυπου. Το Υ-χρωμόσωμα και το μιτοχονδριακό DNA έχουν διαφορετικούς προσδιορισμούς απλοομάδων με διαφορετικά γράμματα. Π.χ. R για Υ- χρωμόσωμα και L για μιτοχονδριακό DNA. Η απλοομάδα αναφέρεται στη βαθιά προγονική προέλευση, χιλιάδες έτη στο παρελθόν.

Στην ανθρώπινη γενετική οι απλοομάδες που μελετώνται συνηθέστερα είναι οι απλοομάδες του Υ-χρωμόσωματος (Υ-DNA) και η απλοομάδα του μιτοχονδριακού DNA (mtDNA), και τα δύο από τα οποία μπορούν να χρησιμοποιηθούν για να καθορίσουν τους γενετικούς πληθυσμούς της Γης. Το Υ-DNA περνά σύμφωνα με την πατρική γραμμή, από τον πατέρα στο γιο, ενώ το mtDNA ακολουθεί τη μητρική γραμμή, από τη μητέρα στην κόρη. Κανένα από τα δύο δεν επανασυνδυάζεται, και έτσι οι όποιες Υ-DNA και mtDNA αλλαγές γίνονται μόνο από μεταλλάξεις. Δηλαδή, το γενετικό υλικό των δύο γονέων δεν ανταλλάσσεται.

Απλοομάδες στο Υ-χρωμόσωμα

Οι Ανθρώπινες Y chromosome DNA (Y-DNA) απλοομάδες ονομάζονται με γράμματα από A μέχρι το T, και διαιρούνται περισσότερο με μικρά γράμματα και αριθμούς. Y-χρωμόσωμα Απλοομάδες καθορίζονται από το Y Chromosome Consortium

Y-chromosomal Adam είναι το όνομα που δόθηκε στο χρωμόσωμα του ανδρός που ήταν ο νεότερος άνθρωπος στον κόσμο most recent common patrilineal (male-lineage) ancestor.

Κύριες Y-χρωμόσωμα Απλοομάδες, και γεωγραφικές κατανομές:

Ομάδες με μετάλλαξη M168

(μετάλλαξη M168 έγινε ~50,000 Π.Χ)

• Haplogroup C (M130) (Ωκεανία, Βόρεια/Κεντρική/Ανατολική Ασία, Βόρια Αμερική και σημαντική συμμετοχή στην Ινδία)

• YAP+ haplogroups
  • Haplogroup DE (M1, M145, M203)
    • Haplogroup D (M174) (Θιβέτ, Ιαπωνία, Andaman Νησιά)
    • Haplogroup E (M96)
      • Haplogroup E1b1a (M2) (Αφρική); γνωστό σαν E3a
      • Haplogroup E1b1b (M35) Ανατολική Αφρική (Αιθίοπες και Σομαλοί), Βόρεια Αφρική (Βέρβεροι και Άραβες), Μέση Ανατολή, Μεσόγειος, Βαλκάνια; γνωστό σαν E3b

Ομάδες χωρίς μετάλλαξη M168

• Haplogroup A (M91) (Αφρική, ειδικά Khoisan, Αιθίοπες, και Nilotes)

• Haplogroup B (M60) (Αφρική, ειδικά Pygmies and Hadzabe)

Ομάδες με μετάλλαξη M89

(μετάλλαξη M89 έγινε ~45.000 Π.Χ)

• Haplogroup F (P14, M213) (νότια Ινδία, Σρι Λάνκα, Κίνα, Κορέα)

• Haplogroup G (M201) (εμφανίζεται στην Ευρασία σε μικρά ποσοστά; πιο συχνό στον Καύκασο στο Ιράν και Μέση Ανατολή; Στην Ευρώπη κυρίως σε Ιταλία, Ελλάδα, βόρεια Ισπανία, Τυρόλο, και Βοημία, Μοραβία; Βρετανία και Νορβηγία σε 2%)

• Haplogroup H (M69) (Ινδία, Σρι Λάνκα, Νεπάλ, και μικρή συχνότητα σε Πακιστάν, Ιράν, Κεντρική Ασία, και Αραβία)

• Haplogroup IJK (L15, L16)

Groups με μετάλλαξη L15 & L16

• Haplogroup IJK (L15, L16)
  • Haplogroup IJ (S2, S22)
    • Haplogroup I (M170, P19, M258) (κοινό σε Ευρώπη, βρίσκεται όχι πολύ συχνά σε Μέση Ανατολή, δεν συναντάται αλλού)
      • Haplogroup I1 (M253, M307, P30, P40) (Βόρεια Ευρώπη)
      • Haplogroup I2 (S31) (Κεντρική και Νότια-ανατολική Ευρώπη, Σαρδηνία)
    • Haplogroup J (M304) (Μέση Ανατολή, Turkey, Καύκασος, Ιταλία, Ελλάδα, Βαλκάνια, Βόρεια και Βόρεια-ανατολική Αφρική)
      • Haplogroup J* (Κυρίως Σοκότρα, με μικρούς πληθυσμούς σε Πακιστάν, Ομάν, Ελλάδα, Τσεχία, και μεταξύ Τουρκικών Λαών)
      • Haplogroup J1 (M267) (Κυρίως συναντάται σε Εβραϊκούς λαούς σε Μέση Ανατολή, Αιθιοπία, και Βόρεια Αφρική και σε βόρειους καυκάσιους, σε Δημοκρατία του Νταγκεστάν; J1 με DYS388=13 έχει σύνδεση με Μέση Ανατολή)
      • Haplogroup J2 (M172) (Κυρίως Ασία, Κεντρική Ασία, Νότια Ασία, Νότια Ευρώπη, και Βόρεια Αφρική)
  • Haplogroup K (M9, P128, P131, P132)

Ομάδες με μετάλλαξη M9

(μετάλλαξη M9 έγινε ~40,000 Π.Χ)

• Haplogroup K (όχι περαιτέρω κύριες μεταλλάξεις) (Νέα Γουινέα, Αυστραλία)
  • Haplogroup L (M11, M20, M22, M61, M185, M295) (Νότια Ασία, Κεντρική Ασία, Νοτιοδυτική Ασία, Μεσόγειος)
  • Haplogroup M (P256) (Νέα Γουινέα, Μελανησία)
  • Haplogroup NOP (rs2033003)
  • Haplogroup S (M230, P202, P204)
  • Haplogroup T (M70, M184/USP9Y+3178, M193, M272)

Ομάδες με μετάλλαξη rs2033003

• Haplogroup NOP (rs2033003)
  • Haplogroup NO (M214)
    • Haplogroup NO* (μικρή διασπορά)
    • Haplogroup N (LLY22g) (Βόρεια Ευρασία, κυρίως λαοί απο τα Ουράλια όρη)
    • Haplogroup O (M175) (Ανατολική Ασία, Νότια-ανατολική Ασία, Νότιος Ειρηνικός , Νότια Ασία, Κεντρική Ασία)
      • Haplogroup O1 (MSY2.2)
      • Haplogroup O2 (P31, M268)
      • Haplogroup O3 (M122)
  • Haplogroup P (M45, 92R7, M74/N12) (M45 έγινε ~35,000 Π.Χ)
    • Haplogroup Q (MEH2, M242, P36) (Έγινε ~15,000-20,000 χρόνια. Βρέθηκε σε Ασία και Αμερική)
      • Haplogroup Q3 (M3) (Βόρεια Αμερική, Κεντρική Αμερική, και Νότια Αμερική)
    • Haplogroup R (M207)
      • Haplogroup R1 (M173)
        • Haplogroup R1a (M17) (Κεντρική Ασία, Νότια Ασία, και Κεντρική, Βόρεια, και Ανατολική Ευρώπη)
        • Haplogroup R1b (M343) (Δυτική, Νότια, και Northern Ευρώπη, Καύκασος)
      • Haplogroup R2 (M124) (Νότια Ασία, Καύκασος, Κεντρική Ασία)

Ομάδες με μετάλλαξη M230

• Haplogroup S (Νέα Γουινέα); γνωστό σαν Απλοομάδα K5

Ομάδες με μετάλλαξη M70

• Haplogroup T - (Βόρεια Αφρική, Ακρωτήριο Horn, Νότια-δυτική Ασία, Μεσόγειος, Νότια Ασία); γνωστό σαν Απλοομάδα K2

Απλοομάδα του μιτοχονδριακού DNA

Οι ανθρώπινες mtDNA απλοομάδες ονομάζονται:

A, B, C, CZ, D, E, F, G, H, pre-HV, HV, I, J, pre-JT, JT, K, L0, L1, L2, L3, L4, L5, L6, L7, M, N, P, Q, R, S, T, U, UK, V, W, X, Y, Z.

Καθορισμός Πληθυσμών

Το Απλοομάδα του mtDNA μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να καθορίσει τους γενετικούς πληθυσμούς γεωγραφικά.

Οι κύριες ομάδες για την mtDNA απλοομάδα είναι οι εξής: Αφρικανοί νότια της Σαχάρας: L0, L1, L2, L3, L4, L5, L6, L7 Ευρασιατική Δύση: H, T, U, V, X, K, I, J, W (όλα τα απαριθμημένα δυτικά ευρασιατικά απλοομάδα προέρχονται από το μακρο-απλοομάδα Ν) Ανατολή ευρασιατική: A, B, C, D, E, F, G, Y (ΣΗΜΕΊΩΣΗ: Το C, το D, το Ε, και τα G ανήκουν στο μακρο-απλοομάδα Μ) Αμερικανοί ιθαγενείς: Α, Β, C, D, Χ Αυσταλο-Μελανήσιοι: P, Q, S

Οι μιτοχονδριακές απλοομάδες διαιρούνται σε 3 κύριες ομάδες, που υποδεικνύονται με τα 3 διαδοχικά γράμματα L, Μ, Ν. Η ανθρωπότητα χώρισε αρχικά μέσα στην ομάδα L μεταξύ L0 και L1. Το L1 έδωσε αφορμή για άλλες ομάδες L, μια από τις οποίες, h L3, χώρισε στην ομάδα Μ και Ν. Η ομάδα Μ περιλαμβάνει το πρώτο κύμα της ανθρώπινης μετανάστευσης από την Αφρική, μετά από μια ανατολική διαδρομή κατά μήκος των νότιων παραλιακών περιοχών. Οι πληθυσμοί απογόνων που ανήκουν στο απλοομάδα Μ βρίσκονται σε όλη την Ανατολική Αφρική, την Ασία, την Αμερική, και τη Μελανησία, αν και σχεδόν καμία δεν έχει βρεθεί στην Ευρώπη.

Η ομάδα Ν μπορεί να αντιπροσωπεύσει μια άλλη μετανάστευση από την Αφρική, προς τον βορρά αντί για ανατολικά. Αμέσως μετά από τη μετανάστευση, η μεγάλη ομάδα R που χωρίζεται μακριά από το Ν. Η Απλοομάδα R αποτελείται από δύο υποομάδες που καθορίζονται βάσει των γεωγραφικών διανομών τους, της μιας που βρίσκεται στη νοτιοανατολική Ασία και την Ωκεανία και του άλλου περιορισμένου σχεδόν στους σύγχρονους ευρωπαϊκούς πληθυσμούς. Η Απλοομάδα Ν (xR), δηλ. mtDNA που ανήκει στην ομάδα Ν αλλά όχι στην υποομάδα R, είναι χαρακτηριστικό των αυστραλιανών αυτοχθόνων πληθυσμών, ενώ επίσης όντας παρόν στις χαμηλές συχνότητες μεταξύ πολλών πληθυσμών της Ευρασίας και της Αμερικής.

• Ο τύπος L αποτελείται από Αφρικανούς, και ειδικά Αφρικανούς της νότιας Σαχάρας.

Ο τύπος Μ αποτελείται από:

• M1- Αιθίοπες, σομαλοί και ινδικοί πληθυσμοί. Πιθανός λόγω πολλής ροής γονιδίων μεταξύ του Κεράτου της Αφρικής και της αραβικής χερσονήσου (Σαουδική Αραβία, Υεμένη, Ομάν), που χωρίζονται μόνο από ένα στενό στενό, μεταξύ της Ερυθράς Θάλασσας και του Κόλπου Άντεν.
• CZ πολλοί Σιβηριανοί; Z πολύ Σαάμι, Κορεάτες, Βόρειοι κινέζικοι, μερικοί κεντρικοί ασιατικοί πληθυσμοί.
• D- Μερικοί ινδιάνοι, πολλοί Σιβηριανοί και βόρειο ανατολικοί Ασιάτες
• E- Της Μαλαισίας, αυτόχθονες του Βόρνεο, Φιλιππίνες, Ταϊβάν, Παπούα Νέα Γουινέα
• G- Πολλά βορειοανατολικοί Σιβηριανοί, βόρειο ανατολικοί Ασιάτες, και κεντρικοί Ασιάτες
• Q- Μελανησιακοί, πολυνησιακοί, νέοι πληθυσμοί της Γουινέας

*Ν αποτελείται από:

• A- Βρέθηκε σε μερικούς ινδιάνους, Ιάπωνες, και Κορεάτες
• I- συχνότητα 10% σε βόρειο, Ανατολική Ευρώπη
• S- Μερικοί αυστραλιανοί αυτόχθονες
• W- κάποιοι ανατολικοί Ευρωπαίοι, νότιοι Ασιάτες, και νότιο ανατολικοί Ασιάτες
• X- Μερικοί ινδιάνοι, νότιοι Σιβηριανοί, νοτιοδυτικοί Ασιάτες, και νότιοι Ευρωπαίοι
• Y- Ainus και Nivkhs 1% στη νότια Σιβηρία
• R- Μεγάλη ομάδα που βρίσκεται μέσα στον τύπο Ν. Οι πληθυσμοί που περιλαμβάνονται εκεί μέσα μπορούν να διαιρεθούν γεωγραφικά σε δυτική Ευρασία και ανατολική Ευρασία. Σχεδόν όλοι οι ευρωπαϊκοί πληθυσμοί και ένας μεγάλος αριθμός της Μέσης Ανατολής περιλαμβάνονται σήμερα μέσα σε αυτόν τον κλάδο. Ένα μικρότερο ποσοστό περιλαμβάνεται σε άλλες ομάδες τύπων Ν (δείτε ανωτέρω). Κατωτέρα είναι παράκλαδα του R:
• B- Κινέζοι, Θιβετιανοί, Μογγόλοι, κεντρικοί Ασιάτες, Κορεάτες, ινδιάνοι, νότος Σιβηριανοί, Ιάπωνες, πολυνήσιοι
• F- Κυρίως στη νοτιοανατολική Ασία, ειδικά Βιετνάμ 8.3% στο νησί Hvar στην Κροατία.
• R0- στην Αραβία και μεταξύ Αιθιόπων και Σομαλών κλάδος HV (κλάδος Η κλάδος V) - δυτική Ευρώπη, Μέση Ανατολή, Προ-cJt προέκυψε στη σύγχρονη περιοχή του Λιβάνου, και βρέθηκε σε συχνότητα 25% στα βεδουίνους πληθυσμούς, κλάδος cJt (κλάδος J κλάδος Τ) - ο Βορράς, Ανατολική Ευρώπη, Ινδοί, Μεσόγειος.
• U- Υψηλή συχνότητα σε Σκανδιναβία, βαλτικές χώρες, Μεσόγειος.