Το πρωτάθλημα της Γ΄ Εθνικής ποδοσφαίρου ανδρών της περιόδου 1986-87 διεξήχθη σε δύο ομίλους με τη συμμετοχή 40 ομάδων. Με την ολοκλήρωση του πρωταθλήματος την άνοδο στην Β΄Εθνική εξασφάλισαν η Χαλκίδα, η Καλλιθέα, ο Εδεσσαϊκός και η Νάουσα. Στη Δ΄Εθνική υποβιβάστηκαν οι ομάδες: Φωστήρας, Πάτραι, Θήβα, Περαμαϊκός, Θρίαμβος Νέου Κόσμου, Βύζας Μεγάρων, Πανηλειακός, Αναγέννηση Γιαννιτσών, Πυρσός Γρεβενών, Αχιλλέας Φαρσάλων, Πανθρακικός, Λαγκαδάς και Μέγας Αλέξανδρος Αλεξάνδρειας. Ο τελευταίος, δε δήλωσε συμμετοχή στη Δ΄ Εθνική της επομένης περιόδου.[1]