Στα ανατολικά του χωριού σε δίκορφο λόφο που ονομάζεται Κάστελος σώζονται ερείπια από μεσαιωνικό φρούριο. Εκεί κοντά βρίσκονται και ερείπια από το ναό της Παναγίας. Στη θέση αυτή ο Gerola<ref>Monumenti ecc. vol. I, 217</ref>πιστεύει ότι βρισκόταν χωριό, με το όνομα Castello del Betto, που αναφέρεται στην απογραφή του Καστροφύλακα με 37 κατοίκους το 1583<ref>Καστροφύλακας, Κ 94, 1583.</ref>.
Σε συμβόλαιο του [[1271]] γίνεται μια από τις πρώτες μνείες στις ΜελέσεςΜελέσσες: ''Johannes Artemanno habitator in casali Mellexe dare tenetur Lindiacho iudeo''...<ref>A. Lombardo, Documenti della colonia veneziana di Creta, p. 65</ref>. Σε άλλα συμβόλαια του 1280 και 1281 το βρίσκουμε ''Melesse'' και ''Micri'' ή ''Micre Melesse''<ref>''M. Chiaudano e A. Lombardo, Fonti per la storia di Venezia'', pp. 96, 123, 126, 127, 141)</ref>Το χωριό αναφέρεται το [[1583]] να συναποτελείται από δύο οικισμούς: ''Melesses Catto'' και ''Melesses Apano'' με 217 και 192 κατοίκους αντίστοιχα.
Τα Φιλίσια υπάγονταν στις ΜελέσεςΜελέσσες όταν οι τελευταίες ήταν κοινότητα, και σήμερα αποτελούν συνοικισμό του Δημοτικού Διαμερίσματος των Μελεσσών. Το 16ο αιώνα είχαν 119 κατοίκους και αναφέρονται με το όνομα ''Figlissa''<ref>Καστροφύλακας, Κ 94, 1583.</ref>
