Ο βαθμός ασφαλείας που παρέχει το Τετράγωνο του Πολυβίου είναι πολύ περιορισμένος, ακόμη και αν συνδυαστεί με [[αλγόριθμοι αντικατάστασης|αλγορίθμους αντικατάστασης [http://en.wikipedia.org/wiki/Substitution_cipher]] και μεικτά αλφάβητα: τα ζεύγη των αριθμών προκύπτουν αν σε έναν πίνακα αντικατάστασης που το σύνολο των συμβόλων του είναι απλά ζεύγη αριθμών .
Ωστόσο αλγόριθμος του Τετραγώνου του Πολυβίου μπορεί να συνδυαστεί με έναν αλγόριθμο κρυπτογράφηση ς όπως το Playfair [[Κρυπτοσύστημα_Playfair] ][[ en:(Playfair_cipher]]) ή με πιο πολύπλοκους αλγορίθμους όπως οι [[αλγόριθμοι τμηματοποίησης [[en:Transposition_cipher#Fractionation]] Transposition ciphers), ώστε να βελτιωθεί ο βαθμός ασφάλειας που παρέχει, καταλήγοντας στο μοντέλο που περιγράφει ο [[Κλώντ Σάννον]] (Claude E . Shannon [[en:Claude_Elwood_Shannon]]) στο έργο του [[en:Communication_Theory_of_Secrecy_Systems]]''Communication Theory of Secrecy Systems'' αναφορικά με το θόρυβο και την διασπορά.
Υπό αυτό το πρίσμα, το Τετράγωνο του Πολυβίου αποτελεί χρήσιμο τμήμα σε πολλούς αλγόριθμους κρυπτογράφησης όπως ο [[αλγόριθμος ADFGX [[en:ADFGVX_cipher]], τον αλγόριθμο Nihilist [[en:Nihilist_cipher]](Nihilistcipher) και τον αλγόριθμο Bifid [[en:Bifid_cipher]].
Ο Πολύβιος τελικά εφήυρεεφηύρε ένα πραγματικά χρήσιμο εργαλείο για τη τηλεγραφία, που επέτρεψε την εύκολη μετάδοση γραμμάτων σε απόσταση μέσω μετασχηματισμού των γραμμάτων σε αριθμητικές απεικονίσεις. Η ίδια ιδέα είναι εφαρμόσιμη και στη κρυπτογραφία και τη [[στεγανογραφία]].