Το [[1886]] ο Γρηγόριος Εμπεδοκλής ίδρυσε τραπεζικό γραφείο και το [[1896]] την "''Τράπεζα Γρ. Εμπεδοκλέους''". Το [[1907]] μετατράπηκε σε [[Ανώνυμη εταιρία]] με την «''Εμπορική Τράπεζα της Ελλάδος Α.Ε.''» και εισήχθειεισήχθη στο [[Χρηματιστήριο Αξιών Αθηνών]]. Το 1923 ιδρύθηκε στο [[Λονδίνο]] η ''Commercial Bank of the Near East'' με υποκαταστήματα σε [[Αλεξάνδρεια]] και [[Κωνσταντινούπολη]]. Κατά τον [[Β' Παγκόσμιος Πόλεμος|Β' Παγκόσμιο Πόλεμο]] ο Γρ. Εμπεδοκλής αναχώρησε για την [[Νότιος Αφρική|Νότιο Αφρική]] (όπου πέθανε το [[1951]]) και στην διοίκηση αναπληρώθηκε από τους Χ. Μουλάκη και Π. Βαφειαδάκη. Η τράπεζα προχώρησε σε σημαντικές επενδύσεις σε ακίνητα και μετοχές εταιριών και το [[1942]], απόκτησε την πλειοψηφία των μετοχών της Ασφαλιστικής Εταιρείας Φοίνιξ. Το 1952 την διοίκηση της τράπεζας ανέλαβε ο καθηγητής Στρατής Ανδρεάδης. Τα επόμενα χρόνια ακολούθησαν εξαγορές άλλων τραπεζών και εταιριών: [[Ιονική και Λαϊκή Τράπεζα]] ([[1957]]), ασφαλιστική εταιρία Ιονική ([[1958]]), Τράπεζα Πειραιώς ([[1962]]), ασφαλιστική εταιρία "Γενικαί Ασφάλειαι" ([[1962]]), Τράπεζα Αττικής ([[1964]]), [[Βιομηχανία Φωσφορικών Λιπασμάτων]], Χυμών & Κονσερβών, Ιονική Ξενοδοχειακή, Ναυπηγεία Ελευσίνος κ.α. Το [[1971]] ιδρύθηκαν θυγατρικές Τράπεζες σε [[Παρίσι]] και [[Φραγκφούρτη]].
Το [[1975]] η τράπεζα περιήλθε στον έλεγχο του Ελληνικού Δημοσίου. Ο Στρατής Ανδρεάδης απομακρύνθηκε από την διοίκηση και ορίστηκε Κυβερνητικός Επίτροπος,. και τοΤο [[1976]], μετά από αύξηση του Μετοχικού Κεφαλαίου, την πλειοψηφία των μετοχών τον αποκτούν δημόσιοι οργανισμοί. Μεταξύ 1991 και 1992 η τράπεζα πούλησε επτά από τις θυγατρικές της, το [[1995]] εξαγόρασε το 51% της ασφαλιστικής εταιρίας [[Μetrolife]], το [[1997]] μεταβίβασε την πλειοψηφία των μετοχών της Τραπέζης Αττικής, και το [[1999]] η [[Ιονική Τράπεζα]] πουλήθηκε στην [[Alpha Bank]]. Κατά την δεκαετία του 1990 ίδρυσε επίσης και άλλες χρηματοπιστωτικές εταιρίες, και επεκτάθηκε στην [[Κύπρος|Κύπρο]] όπου ίδρυσε και υποκαταστήματα, ενώ το 2001 ιδρύθηκε η θυγατρική της «''Εμπορική Τράπεζα της Ελλάδος (Κύπρου) Λ.Τ.Δ''».
Το 2000 η Γαλλική τράπεζα [[Credit Agricole]] εισήλθε στο μετοχικό κεφάλαιο της Εμπορικής με ποσοστό 6,7% που αυξήθηκε σε 8,74% το 2002. Το 2004 στο πλαίσιο ανασύνταξης του Ομίλου της Εμπορικής Τράπεζας απορροφήθηκαν συνολικά δέκα θυγατρικές εταιρείες. Το [[2006]] η Credit Agricole εκδήλωσε ενδιαφέρον για την εξαγορά της Εμπορικής με στόχο να αναλάβει το 40% των μετοχών. Εκκρεμεί συνεδρίαση της Διυπουργικής Επιτροπής Αποκρατικοποιήσεων για την πώληση των μετοχών που ελέγχονται από το δημόσιο (ΔΕΚΑ+Ταμεία 31,13%) προς 25 ευρώ ανά μετοχή (συνολικό τίμημα 3,3 δισ. ευρώ) μετά την αύξηση της προσφερόμενης τιμής από την Credit Agricole κατά 1,5 ευρώ. Η θετική ανταπόκριση της ελληνικής κυβέρνησης στην πώληση του ποσοστού του δημοσίου, προκάλεσε αντιδράσεις μεταξύ των εργαζομένων της Εμπορικής που δεν επιθυμούν την πλήρη ιδιωτικοποίηση της τράπεζας, αλλά και της αντιπολίτευσης που θεωρεί την τιμή πώλησης χαμηλή για να πουληθεί χωρίς να υπάρχει άλλη προσφορά.
