Στην αρχαιότητα και συγκεκριμένα στον καιρό του [[Στράβων]]α το Μεγανήσι ονομαζόταν Τάφος ή Ταφιάς και και ανήκε στους λεγόμενους Ταφίους Νήσους, μαζί με τα υπόλοιπα νησιά μεταξύ [[Ακαρνανία]]ς και Λευκάδας, όπως η [[Κάλαμος Λευκάδας|Κάλαμος]] (παλαιότερα Κάρνος), ο [[Καστός Λευκάδας|Καστός]] και η [[Άτοκος]]. Κατά την [[εποχή του χαλκού]] αποτελούσε κέντρο του λαού των [[Τηλεβόες|Τηλεβόων]]. Οι Τηλεβόες που ονομάζονταν και Ταφίοι από το αρχαίο όνομα του Μεγανησίου, ήταν [[Πειρατεία|πειρατικός]] λαός που είχε κυριαρχήσει στην γύρω [[θάλασσα]]. Με την παρακμή των Τηλεβόων το Μεγανήσι ακολούθησε την ιστορική πορεία της [[Λευκάδα|Λευκάδας]] μέχρι τις μέρες μας. Την περίοδο του [[ΒΠΠ|2ου παγκοσμίου πολέμου]] σε θαλάσσια σπηλιά του Μεγανησίου είχε βρει καταφύγιο το [[Παπανικολής Ι (Υποβρύχιο)|Υποβρύχιο Παπανικολής]]
