Στις [[6 Μαΐου]] του [[2009]] και ενώ βρισκόταν στο [[Ινστιτούτο Γκαίτε Αθηνών]] για να παραστεί σε εκδήλωση προς τιμήν του, έχασε την ισορροπία του και έπεσε από σκάλες, με αποτέλεσμα να υποστεί πολλά κατάγματα και να δημιουργηθεί σοβαρό αιμάτωμα στον εγκέφαλο, με την κατάστασή του να χαρακτηρίζεταιχαρακτηριστεί ως κρίσιμη.<ref>{{cite web|url=http://www.e-tipos.com/newsitem?id=88657 |title=Ο Καραγκιόζης ανησυχεί… |accessdate=08/05/2009 |author=Βασιλική Τζεβελέκου |date=8/5/2009 |work=Τέχνες |publisher=Ελεύθερος Τύπος}}</ref><ref>{{cite web|url=http://www.in.gr/news/article.asp?lngEntityID=1011408 |title=Σε κρίσιμη κατάσταση νοσηλεύεται ο Ευγένιος Σπαθάρης |accessdate=08/05/2009 |author= |date=07/05/2009 |work= |publisher=in.gr |pages= }}</ref> Τελικά, στις [[9 Μαΐου]], ύστερα από τρεις ημέρες νοσηλείας απεβίωσε, σε ηλικία 85 ετών.<ref>{{cite web|url=http://www.in.gr/news/article.asp?lngEntityID=1012165&lngDtrID=253 |title=Πανελλήνια συγκίνηση για το χαμό του Ευγένιου Σπαθάρη|accessdate=09/05/2009 |author= |date= |work= |publisher=in.gr |pages= }}</ref> Η σορός του εξετέθη σε λαϊκό προσκύνημα στο [[Σπαθάρειο Μουσείο Θεάτρου Σκιών]] και η κηδεία έγινε στις 13 Μαΐου του 2009, στο [[Μαρούσι]], με δημόσια δαπάνη<ref>[http://www.tanea.gr/default.asp?pid=41&nid=1013284 Τα Νέα], Αποχαιρέτησε όλη η Ελλάδα τον «πατέρα» του Καραγκιόζη, Ευγένιο Σπαθάρη, 13 Μαΐου 2009.</ref>.
