Ο αρχιτεκτονικός της ρυθμός είναι [[Βυζαντινόςσύνθετος ρυθμός|Βυζαντινός,τετρακιόνιος σταυροειδής με τρούλο]].εγγεγραμμένος Αναφέρεται<ref>[http://www.archdiocese.gr/mouseio/eisodia_theotokou.html Εισόδια της Θεοτόκου (Καπνικαρέα)] Ιερά Αρχιεπισκοπή Αθηνών</ref><ref>[http://sgtogias.tripod.com/articles/kapnikarea.html Καπνικαρέα]</ref> ότι έχει κτιστεί στη θέση παλαιότερης εκκλησίας την οποία είχε αναγείρει η Ευδοκία, Αθηναία σύζυγος του αυτοκράτορα [[Θεοδόσιος Β'|Θεοδόσιου του Μικρού]]. Η αρχική εκκλησία είχε χτιστεί με τη σειρά της (όπως συνηθιζόταν) πάνω στα θεμέλια αρχαίου ελληνικού ναού, αφιερωμένου σε γυναικεία θεότητα, πιθανότατα την [[Αθηνά]] ή την [[Δήμητρα (μυθολογία)|Δήμητρα]]. Στο ναό βρίσκονται ενσωματωμένα οικοδομικά στοιχεία όπως κίονες με ρωμαϊκά κιονόκρανα και εντοιχισμένα γλυπτά και επιγραφές.
Στη βόρεια πλευρά του ναού έχει προστεθεί παρεκλήσσι με τρούλο στη μνήμη της [[Αγία Βαρβάρα (μεγαλομάρτυς)|Αγίας Βαρβάρας]].
