Ο Ελκάνο πολέμησε υπό τις διαταγές του [[Γκοντζάλο Φερναντέζ ντε Κόρντομπα]] στην [[Ιταλία]], και το [[1509]] συμμετείχε στην ισπανική εκστρατεία του [[Καρδινάλιου Φρανσίσκο Χιμένεζ ντε Κισνέρος]] εναντίωνεναντίον της [[Αλγερία|Αλγερίας]]. Αργότερα εγκαταστάθηκε στην [[Σεβίλη]] και έγινε καπετάνιος εμπορικού πλοίου. Όταν παραβίασε το ισπανικό δίκαιο παραδίδοντας ένα πλοίο σε [[Γενοβέζοι|Γενοβέζους]] τραπεζίτες ώστε να ξεχρεώσει ένα δάνειο, έλαβε συγχώρεση από τον Βασιλιά Κάρολο Α' αναλαμβάνοντας την υποχρέωση να συμμετάσχει ως αξιωματικός στην αποστολή του Μαγγελάνου στις [[Ανατολικές Ινδίες]]. Απομονώθηκε από τον Μαγγελάνο όταν έλαβε μέρος σε μια αποτυχημένη ανταρσία στην [[Παταγονία]]. Αφού παρέμεινε αλυσοδεμένος για 5 μήνες εκτελώντας σκληρή εργασία, έγινε καπετάνιος σε [[γαλιόνι]].
