Οι προστάτες του ακόμη ανήλικου Πτολεμαίου έδρασαν σπασμωδικά στην εξωτερική πολιτική συνεχίζοντας τα σχέδια του αποθανόντος φαραώ Πτολεμαίου Ε' για εισβολή στην [[Αυτοκρατορία των Σελευκιδών]]. ΣανΩς αποτέλεσμα ο βασιλιάς τους, [[Αντίοχος Δ' Επιφανής|Αντίοχος Δ']] εισέβαλε στα αιγυπτιακά εδάφη δύο φορές και κατάφερε να κατακτήσει όλη τη χώρα εκτός από την πρωτεύουσά της, την [[Αλεξάνδρεια]]. Ο Πτολεμαίος Στ' έπεσε στα χέρια του θείου του, Αντίοχου Δ', και ο λαός, αγανακτισμένος από την κυβέρνηση, απαίτησε την άνοδο στο θρόνο του νεότερου αδερφού του, Πτολεμαίου, στο πλάι της Βασίλισσας Κλεοπάτρας. Μετά την απόσυρση του Αντίοχου από τα αιγυπτιακά εδάφη, χάρη στην παρέμβαση των [[Ρωμαϊκή Δημοκρατία|Ρωμαίων]], η χώρα βρέθηκε με δύο βασιλιάδες. Πιθανώς με την παρέμβαση της Κλεοπάτρας, οι δύο νεαροί άντρες συμφιλιώθηκαν και κυβέρνησαν από κοινού για μια πενταετία από το [[169 π.Χ.]] μέχρι το [[164 π.Χ.]]
