Πρωτεΐνη: Διαφορά μεταξύ των αναθεωρήσεων

 

=== Προσδιορισμός αλληλουχίας αμινοξέων===

 

Το επόμενο βήμα είναι ο προσδιορισμός του αμινικού τελικού άκρου. Σήμερα αυτό γίνεται με τη χρήση ουσιών γνωστών ως [[dabsyl χλωρίδιοα|dabsyl]] και [[dansyl χλωρίδιο]]. Συγκεκριμένα, το dabsyl αλληλεπιδρά με μία μη φορτισμένη αμινική ομάδα και δημιουργεί ένα σταθερό παράγωγο σουλφαμιδίου, το οποίο δεν καταστρέφεται κατά τη υδρόλυση της πρωτεΐνης. Αν και αυτή η μέθοδος είναι ευαίσθητη και αποτελεσματική για το προσδιορισμό του αμινοτελικού άκρου, δε μπορεί να επαναληφθεί διότι η όξινη υδρόλυση της πρωτεΐνης προκαλεί την αποδιάταξή της. Για το προσδιορισμό της αλληλουχία τώρα χρησιμοποιείται η [[αποικοδόμηση Edman]]. Το κύριο αντιδραστήριο αυτής της μεθόδου είναι το [[φαινυλοϊσοθειοκυανικό]], το οποίο αντιδρά με το αμινοξύ που βρίσκεται στο αμινοτελικό άκρο της πρωτεΐνης και σχηματίζει ένα παράγωγο φαινυλο-θειοκαρβαμοϋλίου, και υπό ήπιες συνθήκες από τη πρωτεΐνη απελευθερώνεται ένα κυκλικό παράγωγο του τελικού αμινοξέως, η ένωση φαινυλο-υδαντοϊνο(PTH)-αμινοξύ. Στη συνέχεια ο κύκλος μπορεί να επαναληφθεί ξανά στο υπόλοιπο πεπτίδιο. Το PTH αμινοξύ αναγνωρίζεται με [[υγρή χρωματογραφία υψηλής πίεσης]]. Ο κύκλος αποικοδόμησης Edman μπορεί να αναγνωρίσει μέχρι 50 αμινοξέα. Για να προσδιοριστεί η αλληλουχία πρωτεϊνών με περισσότερα αμινοξέα, η πρωτεΐνη τεμαχίζεται σε μικρά κομμάτια με ενζυμικές και χημικές μεθόδους. Η αλληλουχία των αμινοξέων προσδιορίζεται με τη μέθοδο Edman, ενώ η σειρά των πεπτιδίων με βάση τα αλληλεπικαλυπτόμενα κομμάτια τους. Για πρωτεΐνες που αποτελούνται από πολλές αλυσίδες, πρώτα γίνεται ο προσδιορισμός του αριθμού των αλυσίδων, είτε μετρώντας αμινοτελικά άκρα, είτε με ηλεκτροφόρηση, και μετά η εύρεση της αλληλουχίας των αμινοξέων γίνεται για κάθε αλυσίδα ξεχωριστά.