Στο Νομό Ρεθύμνης μευφίστανται έδραδύο τομητροπόλεις. ΡέθυμνοΗ μία εδρεύειείναι η ιστορική [[Ιερά Μητρόπολις Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου]], που έχει έδρα το Ρέθυμνο και η περιφέρεια της οποίας και καλύπτει όλες τις δύο πρώην βόρειες επαρχίες του νομού., Εκκλησιαστικά[[Επαρχία Ρεθύμνης|Ρεθύμνης]] και [[Επαρχία Μυλοποτάμου|Μυλοποτάμου]] και η άλλη η [[Ιερά Μητρόπολις Λάμπης, Συβρίτου και Σφακίων]], με έδρα το [[Σπήλι Ρεθύμνης]], η περιφέρεια της ενοποίας λόγωκαλύπτει Μητροπόλεωςτις χωρίζεταινότιες σεπρώην οκτώεπαρχίες Αμαρίου, Αγίου Βασιλείου εκτεινόμενη και στην [[επαρχία Σφακίων]] του [[Νομός Χανίων|Νομού Χανίων]]. Οι περιφέρειες αμφοτέρων χωρίζονται σε αρχιερατικές περιφέρειες πουή αριθμούνταιεπιτροπείες με ελληνικάελληνική κεφαλαιογράμματακεφαλαιογράμματη αρίθμηση που προΐστανται πρωτοπρεσβύτεροι και εποπτεύονταιεποπτεύουν τις υπαγόμενες απόσ΄ αρχιερατικούςαυτές επιτρόπουςαντίστοιχες (πρωτοπρεσβύτερους)ενορίες.
