Τον Μάιο του 1941 η άμυνα αποτελούνταναποτελείτο από περίπου 9.000 Έλληνες: τρία τάγματα της V Μεραρχίας του Ελληνικού Στρατού, (τα οποία είχαν μείνει πίσω όταν η υπόλοιπη μονάδα είχε μεταφερθεί στην ηπειρωτική Ελλάδα για να αντιμετωπίσει την γερμανική εισβολή) την Κρητική Χωροφυλακή (μια δύναμη με μέγεθος τάγματος), τη Φρουρά Ηρακλείου (τάγμα άμυνας που αποτελούνταν κυρίως από προσωπικό για μεταφορικές και διοικητική μέριμνα) και υπολείμματα του 12ου και του 20ου ελληνικού τμήματος στρατού ( που είχαν καταφύγει στην Κρήτη και είχαν οργανωθεί υπό βρετανική διοίκηση). Υπήρχαν, ακόμη, μαθητές της Ακαδημίας της Χωροφυλακής και νεοσύλλεκτοι από τα κέντρα εκπαίδευσης νεοσυλλέκτων στην Πελοπόννησο, οι οποίοι είχαν μεταφερθεί στην Κρήτη για να αντικαταστήσουν τους εκπαιδευμένους στρατιώτες που είχαν σταλεί για να πολεμήσουν στην ηπειρωτική Ελλάδα. Αυτές οι δυνάμεις ήταν ήδη οργανωμένες σε αριθμημένα συντάγματα εκπαιδευομένων νεοσυλλέκτων και αποφασίστηκε να χρησιμοποιηθεί η υπάρχουσα διαμόρφωση για την οργάνωση των ελληνικών μονάδων, ενισχύοντάς τις με έμπειρους άνδρες που έφθαναν από την ηπειρωτική χώρα.
Το στρατιωτικό απόσπασμα της Βρετανικής Κοινοπολιτείας αποτελούνταν από την αρχική βρετανική φρουρά και 25.000 ακόμα στρατιώτες που είχαν εγκαταλείψει την ηπειρωτική χώρα. Αυτοί οι 25.000 στρατιώτες ήταν ένα μείγμα από ακέραιες μονάδες κάτω από δική τους διοίκηση, πρόχειρες μονάδες φτιαγμένες βιαστικά από διοικητές, στρατιώτες κάθε είδους χωρίς ηγεσία, και λιποτάκτες. Οι περισσότεροι από αυτούς δεν είχαν βαρύ εξοπλισμό.
