Πρόγονος της πόλης της Μαχατσκαλά, ήταν η πόλη Ταρκί, τω΄ρασήμερα προάστιο της Μαχατσκαλά, η ιστορία της οποίας εκτείνεται από το 15ο αιώνα μ.Χ. και πιθανώς πολύ πρωτύτερα. Η σύγχροησύγχρονη πόλη της Μαχατσκαλά, ιδρύθηκε το 1844 ως φρούριο και μεγάλωσε σεαποτέλεσε πόλη το 1857. Το αρχικό ρωσικό όνομα της πόλης ήταν Πετρόφσκογιε, από τον τσάρο [[Πέτρος ο Β' της Ρωσίας|Πέτρο το Μέγα]], ο οποίος επισκέφθηκε την περιοχή το 1722. Παρόλα αυτά, στους ντόπιους είναιήταν γνωστή ως Ανζί-Καλά, (Φρούριο της Πατρίδας, ''Καλά'' σημαίνει Φρούριο στα αραβικά και τουρκικά). Η πόλη μετονομάστηκε σε Λιμάνι Πετρόφσκ το 1857, γνωστή και ως Πετρόφσκ απλώς, και ως Μαχατσκαλά το 1921.
Η πόλη επλήγη από μεγάλο σεισμό και υπέστη μεγάλες ζημιές στις 14 Μαΐου 1970. Στη δεκαετία του 1920 ονομάστηκε για λίγο ως Σαμιλκαλά. Τον Ιανουάριο του 1919, λεγόμενη Πετρόφσκ τότε, κατά τη διάρκεια του Ρωσικού Εμφυλίου, στην πόλη είχε την έδρα της η 221 Μοίρα της βρετανικής Βασιλικής Αεροπορίας (RAF). Το Μάρτιο της ίδιας χρονιάς, προστέθηκε στη δύναμη των Βρετανών στο τότε Πετρόφσκ, η 266 Μοίρα της RAF και μαζί με τη 221 Μοίρα έπαιρναν μέρος σε επιθέσεις βομβαρδισμού των δυνάμεων των [[Μπολσεβίκοι|Μπολσεβίκων]] στο [[Άστραχαν]] και αλλού. Τον Αύγουστο του 1919, αποσύρθηκαν οι δύο βρετανικές αεροπορικές Μοίρες από την πόλη.
Η πόλη επλήγη από μεγάλο σεισμό και υπέστη μεγάλες ζημιές στις 14 Μαΐου 1970.
