Το '''Κύπελλο Κύπρου Γ' – Δ' κατηγορίας 2008-09''' ήταν η πρώτη διοργάνωση του [[Κύπελλο Κύπρου Γ' – Δ' κατηγορίας|Κυπέλλου Κύπρου Γ' – Δ' κατηγορίας]]. Στο Κύπελλο Κύπρου Γ' – Δ' κατηγορίας 20082012-0913 συμμετείχανείχαν δικαίωμα συμμετοχής μόνο οι ομάδες της [[Γ' κατηγορία ποδοσφαίρου ανδρών Κύπρου|Γ']] και της [[Δ' κατηγορία ποδοσφαίρου ανδρών Κύπρου|Δ]]' κατηγορίας (σύνολο 28 ομάδες), κάθε μια εκ των οποίων αποφασίζει κατά πόσον θα δηλώσει συμμετοχή στη διοργάνωση. Οι ομάδες της [[Α' κατηγορία ποδοσφαίρου ανδρών Κύπρου|Α]]΄ και [[Β' κατηγορία ποδοσφαίρου ανδρών Κύπρου|Β΄]] κατηγορίας συμμετείχαν στο [[Κύπελλο Κύπρου (ποδόσφαιρο ανδρών)|Κύπελλο Κύπρου]]. Το κύπελλο διεξήχθη σε 5 γύρους. Νικήτρια ήταν η [[Ελπίδα Ξυλοφάγου]] για πρώτη φορά στην ιστορία της.
