Από τη Μινωική εποχή υπάρχουν ερείπια και πιθανολογείται οτι το χωριό ονομαζόταν Βοιβή{{πηγή}} Κατα την ένωση της [[Κρητική Πολιτεία|Κρητικής Πολιτείας]] με την Ελλάδα, έγιναν προτάσεις για ‘’επαναφορά’’ του ονόματοςμετονομασία του χωριού στο αρχαίοσε Βοιβή, αλλά μετά από αντιδράσεις των κατοίκων το όνομα παρέμεινε ως είχε. Το όνομα του χωριού Πόμπια, καθώς και του κοντινού χωριού Στάβιες, προέρχονται από τις δυο [[Αρχαία Ρώμη|ρωμαϊκές]] πόλεις [[Πομπηία|Pompeii]] και Stabiae{{πηγή}} που κατέστρεψε το ηφαίστειο [[Βεζούβιος]] το 79 μ.Χ στην νότια Ιταλία. Επίσης στο χωριό γεννήθηκε ο Καπετάν Μιχάλης Κόρακας που ήταν οπλαρχηγός στη επανάσταση κατά των Τούρκων. Επί Τουρκοκρατίας χτίστηκε το Γυμνάσιο Πόμπιας που ήταν το ένα από τα δύο στο νομό Ηρακλείου το οποίο λειτουργεί και σήμερα.
