Από τη [[Μινωικός πολιτισμός|Μινωική εποχή]] υπάρχουν ερείπια και πιθανολογείται οτι το χωριό ονομαζόταν Βοιβή{{πηγή}} Κατα την ένωση της [[Κρητική Πολιτεία|Κρητικής Πολιτείας]] με την Ελλάδα, έγιναν προτάσεις για μετονομασία του χωριού σε Βοιβή, όπως συνέβη στον [[Χάνδακας|Χάνδακα]] ([[Ηράκλειο]]) την ίδια εποχή, αλλά μετά από αντιδράσεις των κατοίκων το όνομα παρέμεινε ως είχε. Το όνομα του χωριού Πόμπια, καθώς και του κοντινού χωριού [[Στάβιες Ηρακλείου|Στάβιες]], προέρχονται από τις δυο [[Αρχαία Ρώμη|ρωμαϊκές]] πόλεις [[Πομπηία|Pompeii]] και Stabiae{{πηγή}} που κατέστρεψε το ηφαίστειο [[Βεζούβιος]] το 79 μ.Χ στην νότια Ιταλία. Επίσης στο χωριό γεννήθηκε ο [[Μιχαήλ Κόρακας|Μιχαήλ Κόρακας]] που ήταν οπλαρχηγός στη επανάσταση κατά των Τούρκων. Επί Τουρκοκρατίας χτίστηκε το Γυμνάσιο Πόμπιας που ήταν το ένα από τα δύο στο νομό Ηρακλείου το οποίο λειτουργεί και σήμερα.