Τα περισσότερα απτόφυτα είναι θαλάσσια, εντοπισμένα σε σημαντικούς αριθμούς σε πολικά, υποπολικά, εύκρατα και τροπικά ύδατα ενώ έχει περιγραφεί τουλάχιστον ένα είδος που αναπτύσσεται σε γλυκό νερό. Ένας αριθμός από περίεργες μορφές εντοπίζονται σε σκοτεινούς ωκεανούς βάθους >μεγαλύτερου των 200m. Τα απτόφυτα είναι σημαντικά από οικολογική άποψη όσον αφορά στις βιοτικές αλληλεπιδράσεις αλλά και στην βιογεωχημεία. Στις βιοτικές αλληλεπιδράσεις περιλαμβάνονται οι ρόλοι των απτοφύτων ως πηγή τροφής στα φυσικά τροφικά πλέγματα και σε εκείνα των υδατοκαλλιεργειών αλλά και η παραγωγή τοξινών από ορισμένα είδη. Τα απτόφυτα λόγω του μικρού μεγέθους, της ταχείας αύξησής τους, της ευπεψίας και του θρεπτικού περιεχομένου τους θεωρούνται ως υψηλής ποιότητας τροφή για το θαλάσσιο ζωοπλαγκτόν.
Μερικά είδη αρκετών γενών απτοφύτων επηρεάζουν τα βιοτικά συστήματα με την παραγωγή τοξινών ή άλλων επιβλαβών ουσιών. Για παράδειγμα το ευρέως διαδεδομένο είδος μαστιγοφόρου ''Chrysochromulina polylepis'' μπορεί να παράγει τοξικές «ανθίσεις» στην ανοικτή θάλασσα που προκαλούν τον θάνατο ψαριών και ασπονδύλων.
