Στις 10 Οκτωβρίου 1801 με μυστική συμφωνία στο Παρίσι μεταξύ Γαλλίας και Ρωσίας, αποφασίστηκε η αποστρατικοποίηση της Επτανήσου. Αυτό είχε σαν αποτέλεσμα να χειροτερέψει η εσωτερική κατάσταση και να κινδυνεύσει η Επτάνησος να περιέλθει στην κατοχή της Τουρκίας. Για να σώσει την Πολιτεία, ο Πρίγκιπας Θεοτόκης αναγκάστηκε να φέρει σε συνεννόηση τους ευγενείς με τους δημοκρατικούς και τους αστούς και να ζητήσει εκ νέου τη μεσολάβηση της Ρωσίας. Ο Τσάρος τότε έστειλε στην Κέρκυρα πληρεξούσιο, τον Ζακυνθινής καταγωγήςΖακυνθινό κόμη Γεώργιο Μοτσενίγο, έμπειρο διπλωμάτη της Ρωσίας στην Τοσκάνη, ο πατέρας του οποίου, κόμης Δημήτριος Μοτσενίγος, είχε διακριθεί στον αγώνα κατά της Τουρκίας στην περίοδο των Ορλωφικών. Ο Μοτσενίγος έφτασε στην Κέρκυρα τον Αύγουστο του 1802 και συγκάλεσε συντακτική συνέλευση με νέους Γερουσιαστές για την κατάρτιση νέου συντάγματος, το οποίο ψηφίστηκε στις 16 Οκτωβρίου 1803. Το νέο σύνταγμα καταργούσε το διαδοχικό δικαίωμα ευγενείας και έδιδε το δικαίωμα σε κάθε άτομο που διακρινόταν για την αρετή του, την μόρφωση και που παρουσίαζε τα εχέγγυα ικανού πολίτη, να μπορεί να εκλέγεται σε ηγετικές θέσεις και να μετέχει στην Γερουσία. Έθεσε τις βάσεις για την ανάπτυξη και πρόοδο της Παιδείας, των Τεχνών του Εμπορίου και της Βιομηχανίας. Προέβλεπε την ακεραιότητα της ιδιοκτησίας τον σεβασμό του οικογενειακού ασύλου την ισονομία και θεμελίωνε τις τρεις μεγάλες εξουσίες του κράτους νομοθετική, εκτελεστική και δικαστική. Ήταν το πρώτο Νεοελληνικό Σύνταγμα, με εξαιρετικά φιλελεύθερες, για την εποχή του, διατάξεις. Δυστυχώς η ισχύς του δεν έμελλε να διαρκέσει για πολύ.
