Το 1938 τον συνελήφθη και φυλακίστηκε στην [[Ακροναυπλία]], όπου προσπάθησε να συνεχίσει την πολιτική του δράση. Η ηγεσία της καθοδήγησης στην Ακροναυπλία (Ιωαννίδης) θα τον απομονώσει από τους υπόλοιπους κομμουνιστές, μαζί με τους κρατούμενους τροτσκοστές. Ερχόμενος σε αντίθεση με το [[Νίκος Ζαχαριάδης|Ζαχαριάδη]], υποστήριξε ότι ο χαρακτήρας του [[Β' Παγκόσμιος Πόλεμος|Β' Παγκοσμίου Πολέμου]] δεν ήταν αντιφασιστικός, αλλά πόλεμος ανταγωνισμού ανάμεσα σε αντίπαλα εθνικά κράτη λόγω της οικονομικής κρίσης με το πρόσχημα του διαφορετικού εσωτερικού καθεστώτος τους. Για τον Πουλιόπουλο, όπως και για τον Τρότσκι, η εργατική τάξη και το κομμουνιστικό κίνημα δεν έπρεπε να συνταχτούν με τις αντίστοιχες αστικές τάξεις και τα εθνικά κράτη. <ref>Παντελής Πουλιόπουλος, ''Ο πόλεμος που έρχεται και τα καθήκοντα των κομμουνιστών στην Ελλάδα'', 1939 [http://www.marxists.org/ellinika/archive/pouliop/works/1939/06/coming.htm]</ref> <ref>Παντελής Πουλιόπουλος, ''Συμπλήρωμα στην εισήγηση «Ο πόλεμος που έρχεται και τα καθήκοντα των κομμουνιστών στην Ελλάδα»'', 1939 [http://www.marxists.org/ellinika/archive/pouliop/works/1939/12/02/supplmnt.htm]</ref> <ref>Παντελής Πουλιόπουλος, ''Η στιγμή του πολέμου και τα καθήκοντά μας'', 1941 [http://www.marxists.org/ellinika/archive/pouliop/works/moment/moment.htm]</ref>
