Η Ιένα αναφέρθηκε για πρώτη φορά σε ένα έγγραφο του [[1182]]. Αρχικά, η Ιένα ήταν υπό την κατοχή των λόρδων του Λόμπντεμπεργκ. Εκείνη την εποχή, η οικονομία της πόλης βασιζόταν κυρίως στην παραγωγή κρασιού. Το 1523, φτάνει στην πόλη η ιδέα της [[Μεταρρύθμιση|Μεταρρύθμισης]]. Σύμφωνα με κείμενα της εποχής, οι Δομινικανοί μοναχοί που ήταν εγκαστεστημένοι στην Ιένα από το [[1286]] δέχτηκαν πολλές επιθέσεις από Προτεστάντες μοναχούς. Το 15481558, ιδρύεται το Πανεπιστήμιο της Ιένας από τον εκλέκτορα της Σαξονίας [[Ιωάννης Φραγκίσκος ο Μεγαλόκαρδος|Ιωάννη Φραγκίσκο τον Μεγαλόκαρδο]]. Την περίοδο 1670-1690, η Ιένα ήταν πρωτεύουσα ενός δουκάτου. Στα τέλη του [[18ος αιώνας|18ου αιώνα]], το Πανεπιστήμιο της Ιένας απέκτησε μεγάλη φήμη μεταξύ των γερμανικών κρατιδίων, με αποτέλεσμα να γίνει πνευματικό κέντρο όχι μόνο της Γερμανίας αλλά και ολόκληρης της Ευρώπης. Το 1806, μετά την μάχη της Ιένας όπου οι Γάλλοι νίκησαν τους Πρώσους (14 Οκτωβρίου 1806), ο [[Ναπολέων]] κατέκτησε την πόλη. Οι φοιτητές του Πανεπιστημίου της Ιένας εξεγέρθηκαν εναντίον των Γάλλων κατακτητών το [[1813]] και, τελικά, κατάφεραν να κερδίσουν την ανεξαρτησία της πόλης. Στα τέλη του [[19ος αιώνας|19ου αιώνα]], με την δημιουργία της σιδηροδρομικής γραμμής Ζάαλμπαν (Saalbahn), η Ιένα έγινε και βιομηχανικό κέντρο της Γερμανίας, καθώς παρασκεύαζε κυρίως οπτικά και υαλικά προϊόντα. Το [[1945]], λίγο καιρό πριν την λήξη του [[Β΄ Παγκόσμιος Πόλεμος|Δευτέρου Παγκοσμίου Πολέμου]], η πόλη βομβαρδίστηκε από συμμαχικά αεροσκάφη. Η Ιένα ανήκει στο ομόσπονδο κρατίδιο της Θουριγγίας από το 1920, ενώ από 1949 εώς το 1990, άνηκε διοικητικά στην [[Ανατολική Γερμανία]].
