Με το «Eagle», σκάφος που έφερε 60 κανόνια, ο ΚούκΚουκ έφυγε για τη βόρεια αμερικανική ακτή, στο [[Κεμπέκ]] και τις εκβολές του [[Άγιος Λαυρέντιος (ποταμός)|ποταμού Αγίου Λαυρεντίου]] στα ταραγμένα χρόνια του πολέμου. Γρήγορα ανέβηκε στις τάξεις του Ναυτικού, έως ότου έφθασε να διοικεί το δικό του σκάφος επιθεώρησης και χαρτογράφησης. Αυτό ήταν ασυνήθιστο για κάποιον που είχε καταταγεί, αλλά η εμπειρία του στα δύσκολα χρόνια του εμπορικού ναυτικού τον βοήθησε ιδιαίτερα. Ο Κουκ ανταμείφθηκε ιδιαίτερα για τη χαρτογραφική του δουλειά, που συνέχισε να χρησιμοποιείται έως τον [[20ος αιώνας|20ο αιώνα]]. Στην πραγματικότητα οι χαρτογραφήσεις και οι επιστημονικές παρατηρήσεις του, όπως επίσης οι συστάσεις του πρώην κυβερνήτη του Σερ [[Χιού Πάλιζερ]] (Sir Hugh Palliser), τον οδήγησαν στη νέα του θέση ως κυβερνήτη του «Endeavour».<ref>[http://www.cptcook.com/cookbio.html Nate Kerl 2000, «Captain James Cook; a life full of adventure, triumph, and struggle»].</ref>
