Το [[1936]] με το ξέσπασμα της μεταξικής δικτατορίας όλα τα κόμματα πέρασαν στην παρανομία. Ωστόσο, το δικτατορικό καθεστώς έδειξε απίστευτη αγριότητα απέναντι στο ΚΚΕ. Αρκετά στελέχη του (π.χ. [[Νίκος Ζαχαριάδης]] και [[Μανώλης Μανωλέας]]) συνελήφθησαν από τις πρώτες μέρες της δικτατορίας, ενώ όσα στελέχη διέφυγαν αρχικά τη σύλληψη έδρασαν κάτω από σκληρούς συνωμοτικούς κανόνες. Τη θέση του Γενικού Γραμματέα υπό αυτές τις συνθήκες κάλυψε μέχρι το [[1938]] η τριμελής Γραμματεία του ΚΚΕ που αποτελείτο από τους [[Βασίλης Νεφελούδης|Βασίλη Νεφελούδη]], [[Στέλιος Σκλάβαινας|Στέλιο Σκλάβαινα]] και [[Μήτσος Παρτσαλίδης|Μήτσο Παρτσαλίδη]].<ref>Βασίλης Νεφελούδης:Αχτίνα Θ',Αναμνήσεις 1930-1940,Εκδόσεις Βιβλιοπωλείου της Εστίας σελ.149-150</ref>. Ωστόσο οι συλλήψεις κλιμακώθηκαν κατά τα έτη 1938-[[1939]], και ολόκληρος ο καθοδηγητικός μηχανισμός εξαρθρώθηκε με εξαίρεση τους [[Δαμιανός Μάθεσης|Δαμιανό Μάθεση]] και [[Δημήτρης Παπαγιάννης|Μήτσο Παπαγιάννη]]. Κατά τη φυλάκισή τους, αρκετά καθοδηγητικά στελέχη λύγισαν και υπέγραψαν τις λεγόμενες [[Δήλωση μετάνοιας|δηλώσεις μετάνοιας]], που ήταν έμπνευση του [[Κωνσταντίνος Μανιαδάκης|Μανιαδάκη]]. Ανάμεσα σ'αυτά τα στελέχη όμως βρίσκονταν και εκείνοι που μεταστράφηκαν, έγιναν [[Αντικομμουνισμός|αντικομμουνιστές]] και πέρασαν στην υπηρεσία της δικτατορίας συνειδητά. Ο πυρήνας αυτών των στελεχών ήταν οι [[Μιχάλης Τυρίμος]], Μανώλης Μανωλέας, Γιάννης Μιχελίδης. Την συνεργασία με το τμήμα των πρακτόρων στους κόλπους του ΚΚΕ ανέλαβαν ο ίδιος ο Μανιαδάκης, καθώς και ο ανώτατος αξιωματικός της ασφάλειας, Σπύρος Παξινός, ο οποίος είχε εκπαιδευτεί για τη δίωξη του [[Κομμουνισμός|Κομμουνισμού]] στη [[Γκεστάπο]].<ref>Γρηγόρης Φαράκος:Β' Παγκόσμιος Πόλεμος, Σχέσεις ΚΚΕ και Διεθνούς Κομμουνιστικού Κέντρου, Εκδόσεις Ελληνικά Γράμματα σελ.38-39</ref>.
