Το 1967 ύστερα από έγγραφη έκκληση της Ε.Σ.Η.Ε.Α., διετέλεσε υφυπουργός Προεδρίας της Κυβερνήσεως με σκοπό την επίλυση των σοβαρών οικονομικών προβλημάτων του ασφαλιστικού ταμείου των συντακτών, το οποίο ευρισκόταν υπό πλήρη κατάρρευση. Τα οικονομικά προβλήματα του ταμείου λύθηκαν με τον ισχύοντα μέχρι σήμερα Α.Ν. 248/1967 (ίδρυση Ε.Δ.Ο.Ε.Α.Π. και Ταμείου Υγείας, επίλυση οικονομικών προβλημάτων δημοσιογράφων, εφαρμογή αγγελιόσημου, ανάκτηση πωληθέντος μεγάρου δημοσιογράφων κ.ά.) που συνέταξε ο ίδιος. Ως "δείγμα " ευγνωμοσύνης" προς το πρόσωπό του, η Ε.Σ.Η.Ε.Α. αποφάσισε την οριστική διαγραφή του απ΄ αυτήν, διαγραφή η οποία τελικά ανεκλήθη. Επιπροσθέτως, ο Θ. Φ. Παπακωνσταντίνου, πάλεψε για την άρση της λογοκρισίας του τύπου κατά τη διάρκεια της δικτατορίας αλλά δεν τα κατάφερε λόγω αθέτησης σχετικών δεσμεύσεων για την επανακυκλοφορία των εφημερίδων από μεριά των εκδοτών. Η λογοκρισία καταργήθηκε αργότερα αλλά προ της παραιτήσεώς του. Στη συνέχεια διετέλεσε υπουργός Εθνικής Παιδείας (1967-1969). Υπέβαλε την παραίτησή του στις 5.4.1969, η οποία έγινε δεκτή στις 18.6.1969, όταν είχε πια αντιληφθεί ότι δεν θα πραγματοποιούνταν οι υπεσχημένες από τη στρατιωτική δικτατορία εκλογές για τη διενέργεια των οποίων πίεζε φορτικά τον Γ. Παπαδόπουλο. Στη συνέχεια, 5 νέες προτάσεις για υπουργεία και οφφίκια απορρίπτονται εκ μέρους του.
