Στις εκλογές του Μαρτίου του [[1996]] ο Κερεκού κατήλθε ξανά ως υποψήφιος και έλαβε περισσότερες ψήφους από τον Σογκλό. Στο δεύτερο γύρο αναδείχθηκε νικητής με 52,5% των ψήφων, ενώ αξίζει να σημειωθεί ότι τον ίδιο είχαν υποστηρίξει και ο 3ος και 4ος του πρώτου γύρου, [[Αντριέν Ουνγκμπετζί]] και [[Μπρούνο Αμουσού]], αντίστοιχα. Ο Κερεκού υποστηρίχθηκε σθεναρά από ψηφοφόρους προερχόμενους από το Βορρά<ref>[http://query.nytimes.com/gst/fullpage.html?res=9C01EEDD1F39F935A35750C0A960958260 "World News Briefs; Benin Presidential Vote Heads for a Runoff"], ''The New York Times'', 6 Μαρτίου 1996.</ref> αλλά βελτίωσε τις επιδόσεις του και στο Νότο. Το Συνταγματικό Δικαστήριο επικύρωσε τα αποτελέσματα και δε δέχτηκε την έφεση του αντιπάλου του, Σογκλό, ο οποίος επικαλέστηκε νοθεία.<ref>[http://www.britannica.com/eb/article-9113740 Benin, Year in Review: 1996], Britannica.com.</ref> Κατά την ορκωμοσία του, ο Κερεκού παρέλειψε μία αναφορά στα πνεύματα των προγόνων του Μπενίν, εξαιτίας της χριστιανικής του πίστης. Στη συνέχεια αναγκάστηκε να ξαναπεί τον όρκο με αναφορά στα πνεύματα.<ref>Yale Richmond, Phyllis Gestrin, ''Into Africa: Intercultural Insights'' (1998), page 36.</ref>
