Μετά τη φυγή του [[Αλέξιος Γ΄|Αλέξιου Γ΄]] ελευθερώθηκε από τις φυλακές και ανακηρύχθηκε στις [[18 Ιουλίου]][[1203]] Αυτοκράτορας ο εκθρονισθείς [[Ισαάκιος Β΄]], ο οποίος κάλεσε αμέσως τους αρχηγούς της [[Δ΄ Σταυροφορία]]ς στις Βλαχέρνες για να επικυρώσει την συνθήκη που είχε υπογράψει μαζί τους ο γιος του [[Αλέξιος Δ'|Αλέξιος]]. Ο [[Αλέξιος Δ'|Αλέξιος]] είχε δραπετεύσει από την [[Κωνσταντινούπολη]] το [[1202]] και ήλθε σε συνεννόηση με τους αρχηγούς της Δ΄ Σταυροφορίας. Αρχικά συνεννοήθηκε με τον εκλεγμένο αρχηγό της Σταυροφορίας [[Βονιφάτιος ο Μομφερατικός|Βονιφάτιο τον Μομφερατικό]], αλλά η συμφωνία σκόνταψε στην άρνηση του πάπα. Στην συνέχεια στην [[Βενετία]] συνεννοήθηκε με τον τελικό αρχηγό της Σταυροφορίας δόγη Ερρίκο Δάνδολο υποσχόμενος την ακύρωση του [[Σχίσμα του 1054|σχίσματος]] ανάμεσα στην [[Καθολική Εκκλησία|Καθολική]] και την [[Ορθόδοξη Εκκλησία]], εάν αυτοί τον βοηθούσαν να εκθρονίσει τον Θείοθείο του Αλέξιο Γ΄, καθώς και πλούσια αποζημίωση και δώρα για τις υπηρεσίες τους. Οι συνεννοήσεις αυτές κατέληξαν σε συνθήκη που υπογράφτηκε από τον [[Αλέξιος Δ'|Αλέξιο]] το [[1203]], σύμφωνα με την οποία όταν θα γινόταν αυτοκράτορας θα ανελάμβανε την συντήρηση των Σταυροφορικών στρατευμάτων για ένα χρόνο, θα πλήρωνε στους Βενετούς 100.000 αργυρά μάρκα και άλλες 100.000 στους Σταυροφόρους. Θα συντηρούσε δέκα χιλιάδες μαθητές επί ένα χρόνο και πεντακόσιους από αυτούς εφ' όρου ζωής για την άμυνα της Παλαιστίνης. Τέλος δε, θα φρόντιζε να καθυποτάξει την Ανατολική Ορθόδοξη Εκκλησία στον [[Βατικανό|Παπικό θρόνο]].
Μετά την επικύρωση λοιπόν αυτής της συνθήκης και από τον Ισαάκιο[[Ισαάκιος Β΄|Ισαάκιο Β']], ο Αλέξιος στέφθηκε συναυτοκράτορας την [[1 Αυγούστου|1η Αυγούστου]] [[1203]] ως Αλέξιος Δ΄και οι Σταυροφόροι αποσύρθηκαν από την Πόλη αφήνοντας μόνο ένα μικρό απόσπασμα για να τον προστατεύει και ταυτόχρονα να τον επιτηρεί. Μη μπορώντας όμως να πληρώσει τα υπέρογκα ποσά που είχε υποσχεθεί, αναγκάστηκε να επιβάλλει δυσβάστακτη φορολογία, αφού προηγουμένως αφαίρεσε ότιό,τι είχε εναπομείνει στα δημόσια ταμεία καθώς και τα ιερά σκεύη των Εκκλησιών. Στις [[25 Αυγούστου]][[1203]] έστειλε στον [[Πάπας|Πάπα]][[Ρώμη|Ρώμης]] ομολογία πίστεως και ανάγκασε τον Πατριάρχη [[Ιωάννης Ι΄ Καματηρός|Ιωάννη Ι' Καματηρό]] να ανακηρύξει μέσα στην [[Αγία Σοφία (Κωνσταντινούπολη)|Αγία Σοφία]] τον [[Πάπας Ιννοκέντιος Γ΄|Πάπα Ιννοκέντιο Γ΄]] πρώτο επί της γης επίτροπο του Σωτήρος.
Η υπαγωγή της Ανατολικής Εκκλησίας στην Δυτική και η συνεχιζόμενη οικονομική εξάντληση του πληθυσμού για την εξασφάλιση των υπολοίπων χρημάτων που ο Αλέξιος Δ΄ είχε υποσχεθεί στους Σταυροφόρους, οδήγησαν λαό και μοναχούς σε εξέγερση στις [[25 Ιανουαρίου]][[1204]], υποκινημένη από τον ευγενή [[Αλέξιος Ε΄ Μούρτζουφλος|Αλέξιο Δούκα]], που οδήγησε στην καθαίρεση των τελευταίων Αγγέλων συναυτοκρατόρων [[Ισαάκιος Β'|Ισαακίου Β΄καιΒ΄]] και [[Αλέξιοσ Δ'|Αλεξίου Δ΄]]. Επί τρεις ημέρες επικρατούσε αναρχία επειδή κανένας δεν δεχόταν να αναλάβει την ηγεσία και η Αυτοκρατορία παρέμεινε ακέφαλη . Στις 28 Ιανουαρίου 1204 ο λαϊκός ηγέτης [[Νικόλαος Καναβός]] αποδέχθηκε την αρχηγία και ανακηρύχτηκε από τοντο Λαόλαό αυτοκράτορας στην Αγία Σοφία. Ο Πατριάρχης όμως καθώς και οι άρχοντες της πρωτεύουσας δεν τον αναγνώρισαν σαν αυτοκράτορα. Στις 5 Φεβρουαρίου 1204 ο [[Αλέξιος Ε΄ Μούρτζουφλος|Αλέξιος Δούκας]] ανέτρεψε τον Νικόλαο Καναβό και ανακηρύχθηκε αυτοκράτορας με το όνομα [[Αλέξιος Ε΄ Μούρτζουφλος|Αλέξιος Ε΄ Δούκας]] ο επιλεγόμενος ''μούρτζουφλος''. Αμέσως συνέλαβε και σκότωσε τον Καναβό και τον πρώην αυτοκράτορα Αλέξιο[[Αλέξιος Δ΄|Αλέξιο Δ']]. Όσο για τον πατέρα του, Ισαάκιο[[Ισαάκιος Β΄|Ισαάκιο Β']], πέθανε αμέσως μόλις έμαθε τον θάνατο του γιου του.
