Στις 13 Δεκεμβρίου 2002, δύο μήνες μετά την ανάληψη των καθηκόντων της ως Δήμαρχος Αθηναίων, έγινε απόπειρα δολοφονίας σε βάρος της από δράστη που θεωρήθηκε ψυχικά διαταραγμένος. <ref>[http://www.in.gr/news/article.asp?lngEntityID=425283&lngDtrID=244 Ένοπλη επίθεση κατά της Ντόρας Μπακογιάννη] In.gr 13/12/02 15:06</ref><ref>[http://www.hri.org/news/greek/apegr/2002/02-12-13_1.apegr.html#05 Δολοφονική επίθεση εναντίον της Ντόρα Μπακογιάννη], Αθηναϊκό Πρακτορείο Ειδήσεων, 13/12/2002 16:00:18</ref>.
== Διερεύνηση για το σκάνδαλο της Siemens ==
Μέσα στο έτος 2010 έγιναν αναφορές για πιθανή συμμετοχή της Ντόρας Μπακογιάννη στο [[Σκάνδαλο Siemens στην Ελλάδα|σκάνδαλο της Siemens]], με τη κατηγορία ότι έλαβε κάποιες μεγάλες εκπτώσεις σε αγορές προϊόντων από την εν λόγω εταιρία. Το ίδιο έτος παραπέμφθηκε στην εξεταστική επιτροπή που είχε συσταθεί από την κυβέρνηση του Γιώργου Παπανδρέου.<ref>[http://www.tovima.gr/politics/article/?aid=354553/ Υπόθεση Siemens|Στην εξεταστική κατέθεσε η Ντόρα Μπακογιάννη]</ref> Η ίδια δήλωσε ότι οι εν λόγω κατηγορίες είναι λασπολογίες και πως οποιοσδήποτε πολίτης θα μπορούσε να έχει τέτοιες εκπτώσεις στα συγκεκριμένα προϊόντα.<ref>[http://www.skai.gr/news/politics/article/151913/katethese-gia-siemens-i-dora-bakogianni/ Κατέθεσε για Siemens η Ντόρα Μπακογιάννη]</ref><ref>[http://news.kathimerini.gr/4dcgi/_w_articles_politics_100034_16/09/2010_415161/ Κατάθεση Μπακογιάννη πλήρης αιχμών]</ref>
Αρκετές αναφορές έγιναν από τα μέσα μαζικής ενημέρωσης τη διετία 2008-2010 για πιθανή συμμετοχή κι άλλων μελών της οικογένειας Μπακογιάννη.<ref>[http://www.enet.gr/?i=news.el.article&id=129245/ Μητσοτάκη δείχνει ευθέως για Siemens ο Κεφαλογιάννης]</ref><ref>[http://www.enet.gr/?i=news.el.article&id=154440/ Τα ραντεβού Χριστοφοράκου με υπουργούς του Καραμανλή επιβεβαίωσε η γραμματέας του]</ref><ref>[http://www.avgi.gr/ArticleActionshow.action?articleID=595047/ Η κ. Μπακογιάννη και η Siemens]</ref>
Τον Αύγουστο του 2011 τελικώς έληξαν τα καθήκοντα της εξεταστικής επιτροπής χωρίς να παραπεμφθεί κανένα πολιτικό πρόσωπο, αφού αποσύρθηκαν οι όποιες κατηγορίες και δεν συνεχίστηκε η διερεύνηση. Η διαλεύκανση του σκανδάλου χαρακτηρίστηκε απο Μ.Μ.Ε. ως φιάσκο, ενώ τα πολιτικά κόμματα αλληλοκατηγορήθηκαν για κουκούλωμα της υπόθεσης.<ref>[http://www.skai.gr/news/politics/article/178191/horis-kamia-parapobi-i-upothesi-siemens/Χωρίς καμία παραπομπή η υπόθεση Siemens]</ref>
