Ο σύλλογος ιδρύθηκε το 1993 με την ένωση των ομάδων καλαθοσφαίρισης της ''Δόξας Μεγαλόπολης'' και των ''Λυκαίων Μεγαλόπολης''.<ref>[http://aempolybios.blogspot.gr/2008/04/blog.html «Ιστορία»], πληροφορίες στο επίσημο ιστολόγιο του συλλόγου.</ref>
Την αγωνιστική περίοδο 1999-00 το ανδρικό τμήμα κατέκτησε το Πρωτάθλημα της Α' Κατηγορίας Ανδρών της [[Ένωση Καλαθοσφαιρικών Σωματείων Κεντρικής και Νότιας Πελοποννήσου|Ε.ΚΑ.Σ.ΚΕ.ΝΟ.Π.]], λαμβάνοντας το δικαίωμα συμμετοχής για πρώτη φορά στη [[Γ΄ Εθνική καλαθοσφαίρισης ανδρών|Γ' Εθνική Κατηγορία]].<ref name="akr">[http://www.basket.gr/eok/enosis/details.asp?descr=ΕΚΑΣΚΕΝΟΠ «Ένωση Καλαθοσφαιρικών Σωματείων Κεντρικής και Νότιας Πελοποννήσου»], πληροφορίες στον (παλαιό) επίσημο ιστότοπο της Ε.Ο.ΚΕλληνικής Ομοσπονδίας Καλαθοσφαίρισης.</ref>
ΤηνΣτην πρώτη παρουσία του σε εθνικό πρωτάθλημα, την περίοδο [[Πρωτάθλημα καλαθοσφαίρισης Γ' εθνικής κατηγορίας ανδρών 2000-2001|2000-01]], ο σύλλογος κατέλαβεσυγκέντρωσε την11 νίκες και 15 ήττες φτάνοντας στην 9<sup>η</sup> θέση στηντης τελικήτελικής βαθμολογίακατάταξης του(σε ομίλουισοβαθμία του,με παραμένονταςτους στην[[Γ.Σ. κατηγορίαΑγίων Αναργύρων|Αγίους Αναργύρους]] και την [[Φ.Α.Ο. Ομόνοια Ναυπάκτου|Ομόνοια Ναυπάκτου]]).<ref name="vathm">[http://www.basket.gr/cont/champ/index.asp «ΒαθμολογίεςΑρχείο Βαθμολογιών Πρωταθλημάτων»], πληροφορίες στον (παλαιό) επίσημο ιστότοπο της Ε.Ο.ΚΕλληνικής Ομοσπονδίας Καλαθοσφαίρισης.</ref> Ωστόσο, την επόμενη χρονιά, [[Πρωτάθλημα καλαθοσφαίρισης Γ' εθνικής κατηγορίας ανδρών 2001-2002|2001-02]], συγκέντρωσε μόλις 6 νίκες σε 26 αγώνες, με αποτέλεσμα να βρεθεί στην 13<sup>η</sup> και πρότελευταία θέση του τελικού βαθμολογικού πίνακα και να υποβιβαστεί.<ref name="vathm"/>
Μια πενταετία μετά, την περίοδο 2006-07, η ομάδα της Μεγαλόπολης αναδείχθηκε εκ νέου Πρωταθλήτρια της τοπικής της Ένωσης, επιστρέφοντας στη Γ' Εθνική.<ref name="akr"/> Την περίοδο [[Πρωτάθλημα καλαθοσφαίρισης Γ' εθνικής κατηγορίας ανδρών 2007-2008|2007-08]] ολοκλήρωσε τις αγωνιστικές της υποχρεώσεις στη 13<sup>η</sup> θέση του βαθμολογικού πίνακα, γνωρίζοντας τον υποβιβασμό.<ref name="vathm"/>
