Τα άτομα με ορισμένες σπάνια [[εκ γενετής σφάλματα του μεταβολισμού | εγγενή σφάλματα του μεταβολισμού]] έχουν την τάση να συσσωρεύουν σχηματιζώμενεςσχηματισμένες κρυστάλλικέςκρυσταλλικές ουσίες στα ούρα τους. Για παράδειγμα, εκείνοι με [[κυστινουρία]], [[κυστίνωση]] και [[σύνδρομο Fanconi]] δύναται να σχηματίσουν πέτρες που αποτελούνται από [[κυστίνη]]. Ο Σχηματισμόςσχηματισμός λίθων κυστίνης μπορεί να αντιμετωπιστεί με αλκαλοποίηση των ούρων και διατροφικό πρωτεϊνικό περιορισμό. Οι άνθρωποι που έχουν προσβληθεί από [[ξανθινουρία]] παράγουν συχνά πέτρες που αποτελείται από [[ξανθίνη]]. Οι άνθρωποι που έχουν προσβληθεί από [[αδενίνο ανεπάρκεια φωσφοριβοσυλτρανσφεράσης]] μπορείμπορούν να παράγειπαράγουν [[2,8-διυδροξυαδενίνη]] πέτρες, [[αλκαπτονουρία]]που παράγει το [[ομογεντισικού οξύ]] στις πέτρες, και [[Iminoglycinuria | αμινογλυκινουρία]] που παράγουν πέτρες [[γλυκίνης]], [[προλίνης]] και [[υδροξυπρολίνης]].ΣτηνΝεφρολιθίασηΣτη νεφρολιθίαση έχει επίσης παρατηρηθεί η θεραπευτική χρήση του φαρμάκου, μέσω κρυστάλλων που σχηματίζει στο εσωτερικό της νεφρικής οδού σε μερικούς ανθρώπους σήμερα με θεραπεία με χρήση παραγόντων όπως [[ινδιναβίρη]], [[σουλφαδιαζίνη]] και [[τριαμτερένιο]].
