Ο [[Ανδρόνικος Α΄ Κομνηνός]], εξάδελφος του Μανουήλ, κατηγόρησε την Μαρία για συνομωσίασυνομοσία εναντίον του γιου της και για ''διαφθορά της καθαρότητας του στέμματος'' λόγω της σχέσης της με τον πρωτοσέβαστο. Όταν ο Ανδρόνικος έφτασε στην Κωνσταντινούπολη ζήτησε -ανεπιτυχώς- από τρεις δικαστές του velum να την καταδικάσουν για προδοσία και η Μαρία κατέφυγε στηνστη βοήθεια του γαμπρού της ΒέλλαΜπέλα ΙΙΙΓ' της Ουγγαρίας, ζητώντας του να λεηλατήσει περιοχές γύρω από το Βελιγράδι. Τελικά καταδικάστηκε για προδοσία σε φυλάκιση σε έναμια στενόμικρή μπουντρούμιφυλακή κοντά στη Χρυσή Πύλη. Ο γιος της Αλέξιος υπέγραψε την καταδικαστική απόφαση σε θάνατο της μητέρας του. Όμως η εκτέλεση αναβλήθηκε λόγω της άρνησης του γιου του Ανδρόνικου Μανουήλ και του γαμπρού του Γεωργίου να την εκτελέσουν. Τελικά στα τέλη του 1182 στραγγαλίστηκε και θάφτηκε στην ακτή.
Μετά το θάνατό της ο Ανδρόνικος έβαλε να τη ζωγραφίσουν στα δημόσια πορτραίτα της ως μια ρυτιδωμένη γριά γυναίκα αν συνέβαινε ποτέ ο λαός να την συμπαθήσει. <ref>Lynda Garland, Βυζαντινές αυτοκράτειρες. Γυναίκες και εξουσία στο Βυζάντιο, 527-1204,μτφρ. Νάνσυ Κουβαράκου, εκδ.'Ελλην, Αθήνα,2000, σελ.224-225</ref>
