== Δεκαετία 1980: Η Καταξίωση στην Α’ κατηγορία ==
Την περίοδο 1980-81 ο Αετός καταλαμβάνει την 3η θέση στην Α’ κατηγορία. Η τελική κατάταξη τον βρίσκει στην ίδια θέση και τις τρείς επόμενες σεζόν (1981-82, 1982-83, 1983-84).
Την περίοδο 1984-85 ο Αετός υποχωρεί μια θέση στην τελική κατάταξη(4ος), όμως η επόμενη περίοδος(1985-86) τον βρίσκει στη 2η θέση με 35 βαθμούς, την υψηλότερη μέχρι τότε. Προπονητής της ομάδας ήταν ο Νίκος Καλλέργης. Η σωστή δουλειά που έγινε αυτή την περίοδο είχε σαν αποτέλεσμα να αναδειχτούν πολλά Ανωγειανά ταλέντα. Έτσι οι Ξυλούρης Μιχάλης, Μπαγκέρης Μιχάλης και Πασπαράκης Γιώργος πηγαίνουν στον [[Ο.Φ.Η.]] ο Σταυρακάκης Γιώργος στον [[Γ.Σ. Εργοτέλης|Εργοτέλη]] ενώ ο Σπιθούρης Μιχάλης στον [[Παναθηναϊκός Αθλητικός Όμιλος|Παναθηναϊκό]] και την Ε.Α.Ρ. στη συνέχεια.
Τη σεζόν 1986-87 η ομάδα υποχωρεί μια θέση (3η) ενώ τις δύο επόμενες περιόδους (1987-88, 1988-89) η ομάδα σε “χαμηλές πτήσεις” θα καταλάβει την 6η και 9η θέση αντίστοιχα, όχι γνώριμες γι αυτόν. Με ευχάριστη παρένθεση την κατάκτηση του κυπέλλου Ρεθύμνης τη περίοδο 1987-88 απέναντι στον Ο.Φ. Αρμένων με σκορ 2-1.[[Αρχείο:1988.jpg|frame|Η κυπελλούχος ομάδα του 1988.]]
Την επόμενη αγωνιστική περίοδο(1989-90) ο Αετός τερμάτισε 3ος με 27 βαθμούς. Έγινε αναδιάρθρωση των κατηγοριών και την επόμενη χρονιά συμμετέχει για πρώτη φορά στην ιστορία του στο πρωτάθλημα της [[Δ΄ Εθνική ποδοσφαίρου ανδρών|Δ’ Εθνικής]] (Περιφερειακό πρωτάθλημα με 20 ομάδες από όλους τους νομούς της Κρήτης).
Αξίζει να σημειωθεί πως στις περιόδους 1987-88 και 1988-89 ο Αετός συμμετείχε στο κύπελλο μάχης Κρήτης με την περίοδο 1987-88 να φτάνει στον τελικό και την επόμενη περίοδο να αποκλείεται στα ημιτελικά. Μάλιστα το καλοκαίρι του 1988 έπαιξε για το κύπελλο ερασιτεχνών Ελλάδος με τον [[Α.Π.Ο. Παναργειακός|Παναργειακό]] στο [[Άργος]] όπου και αποκλείστηκε στα πέναλτι.
== Δεκαετία 1990: Δ’ Εθνική, ρεκόρ και διάλυση ==
Η πιο λαμπρή σελίδα μέχρι τότε στην ιστορία του Αετού γράφτηκε την περίοδο 1990-91. Η ομάδα αγωνίστηκε για πρώτη φορά στην ιστορία της στο πρωτάθλημα της Δ’ Εθνικής κατηγορίας και κατόρθωσε να παραμείνει σε αυτήν . τερμάτισε στην 12η θέση ενώ νίκη σταθμός για τη σωτηρία της ομάδας υπήρξε το 0-1 επί του Εργοτέλη μέσα στο Μαρτινέγκο καθώς και η σημαντικότατη παρουσία του προπονητή Κώστα Πετράκη στον πάγκο της ομάδας.
