Μετά την αποτυχημένη επανάσταση του 1770 ([[Ορλωφικά]]) οι Τούρκοι καταστρέφουν σαν αντίποινα την [[Πελοπόννησος|Πελοπόννησο]]. Την περίοδο αυτή η μονή πυρπολείται και λαφυραγωγείται, ενώ οι μοναχοί της σφαγιάζονται. Η μονή ανακατασκευάστηκε την επόμενη δεκαετία.
Μεγάλη ακμή γνώρισε η μονή και κατά την πρώτη δεκαετία του [[19ος αιώνας|δεκάτου ενάτου αιώνα]]. Μεταξύ άλλων πραγματοποιήθηκαν τότε το κτίσιμο καινούριου ναού και βοηθητικών κτηρίων, πολλά από τα οποία διασώζονται έως σήμερα καθώς και η διάνοιξη δρόμου.
Η ακμή αυτή της μονής οδήγησε το [[Οικουμενικό Πατριαρχείο]] να την αναγνωρίσει ως Πατριαρχική και [[Σταυροπηγιακή μονή]]. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα να της δοθούν πολλά προνόμια μέσω σουλτανικών διαταγμάτων αλλά και να υποχρεούται πλέον να καταβάλλει ετήσιο φόρο στο Πατριαρχείο. Αποφεύχθηκε έτσι η πιθανή καταπάτηση των περιουσιακών της στοιχείων.
Σημαντική συμβολή είχε η μονή Ελώνης και στην [[Ελληνική Επανάσταση του 1821]], κάτι που πιστοποιείται και από έγγραφό της [[Πελοποννησιακή γερουσία]].
Κατά τη βασιλεία του [[Όθων της Ελλάδας|Όθωνα]] η μονή κρίθηκε διατηρητέα. Μετά το διάταγμα «περί διαλύσεως των μοναστηριών» του [[1833]] η μονή έχασε την παλιά της αίγλη, η περιουσία της καταπατήθηκε και οι μοναχοί εκδιώχθηκαν.
Το [[1972]] η μονή ανασυστάθηκε και λειτουργεί έως και σήμερα ως γυναικεία.
