H εποχή της [[Τουρκοκρατία|Τουρκοκρατίας]] άρχισε το [[1446]]. Το [[1494]] μεταφέρθηκε η έδρα του Μπέη από τα Σάλωνα στο Γαλαξείδι. Πρώτος Μπέης που διορίστηκε ήταν ο Χατζή-Μπαμπας. Τελικά το [[1502]], ύστερα από εντολή της [[Υψηλή Πύλη|Υψηλής Πύλης]], η έδρα επανήλθε στα [[Άμφισσα|Σάλωνα]]. Αξίζει να σημειωθεί ότι σε όλη τη περίοδο της Τουρκικής Κατοχής, κανένας [[Οθωμανοί|Τούρκος]] δεν κατοικούσε στο Γαλαξείδι.{{πηγή}}
Το [[1655]] στοντον [[Κορινθιακός Κόλπος|Κορινθιακό]] και Πατραϊκό κόλπο λυμαινόταν ο Ντουρατζίμπεης, ο οποίος ήρθε σε σύγκρουση με τους Γαλαξειδιώτες για ασήμαντη αφορμή. Η ναυμαχία που ακολούθησε κατέληξε στη συντριβή του Ντουρατζίμπεη, ο οποίος ορκίστηκε όμως να πάρει εκδίκηση. Το [[Πάσχα]] του ίδιου χρόνου επιτέθηκε αιφνιδιαστικά και κυρίευσε το Γαλαξείδι. Αυτή η συμφορά είχε ως αποτέλεσμα την φυγή των κατοίκων του Γαλαξειδίου στα βουνά και συγκεκριμένα στα Πεντεόρια. Επέστρεψαν στο ερειπωμένο Γαλαξείδι μόνο μετά τον θάνατο του Ντουρατζίμπεη το [[1669]].
Η ακμή στητου ναυτιλίαγαλαξιδιώτικου ναυτικού ξεκίνησε την περίοδο [[1720]]-[[1730]], εποχή δηλαδή αμέσως μετά που πραγματοποιήθηκε ητη [[συνθήκη του Πασάροβιτς]] ([[1718]])<ref>Με τη συγκεκριμένη συνθήκη οι Τούρκοι ήταν αναγκασμένοι να επιτρέπουν την ελεύθερη ναυσιπλοΐα στο Ιόνιο και στον Κορινθιακό κόλπο</ref>. Το [[1774]], ύστερα από την [[Συνθήκη Κιουτσούκ-Καϊναρτζή]], τα περισσότερα Γαλαξιδιώτικα πλοία σήκωσαν Ρώσικη σημαία. Μία μεγάλη μορφή του αγώνα της Ανεξαρτησίας διαδραμάτισε εξέχοντα ρόλο στην ανάπτυξη της ναυτιλίας, ο [[Ιωάννης Παπαδιαμαντόπουλος (Πρεσβύτερος)|Ιωάννης Παπαδιαμαντόπουλος]]. Ο Παπαδιαμαντόπουλος είχε συγκεντρώσει τη διακίνηση του εμπορίου της [[Πελοπόννησος|Πελοποννήσου]] και όλης της Δυτικής Ελλάδας. Για να απελευθερωθεί από το [[Μεσολόγγι|Μεσολογγίτικο]] ναυτικό άρχισε τη ναυπήγηση πλοίων στο Γαλαξείδι. Το [[1803]] ο Γαλαξιδιώτικος στόλος αριθμούσε<ref>Σύμφωνα με υπόμνημα που υπέβαλε ο [[Αδαμάντιος Κοραής]] στο "Σύλλογο των παρατηρητών των Ανθρώπων" στο [[Παρίσι]]</ref> 50 πλοία. Τα συνηθέστερα εμπορικά λιμάνια των Γαλαξιδιώτικων πλοίων ήταν: η [[Μασσαλία]], η [[Κωνσταντινούπολη]] και διάφορα άλλα λιμάνια της [[Ισπανία|Ισπανίας]] και της [[Ιταλία|Ιταλίας]].
