Στην αγωνιστική περίοδο του 2009 έλαβε μέρος σε 3 αγώνες στα προκριματικά του [[Παγκόσμιο Κύπελλο Ποδοσφαίρου|Παγκοσμίου Κυπέλλου Ποδοσφαίρου 2010]]<ref>[http://www.rusteam.permian.ru/players/zhirkov.html Το προφίλ του Γιούρι Ζιρκόφ στην ιστοσελίδα της Εθνικής Ρωσίας]</ref>. Στον αγώνα απέναντι στην [[Εθνική Αζερμπαϊτζάν (ποδόσφαιρο ανδρών)|Εθνική Αζερμπαϊτζάν]] δημιούργησε μια καλή ευκαιρία, αλλά ο [[Ρομάν Παβλιουτσένκο]] δεν κατάφερε να στείλει την μπάλα στα δίχτυα<ref>[http://football.kulichki.net/world/2010/kva/4/11.htm Εθνική Ρωσίας - Εθνική Αζερμπαϊτζάν — 2-0 (1-0)]</ref>. Στους υπόλοιπους 2 αγώνες, απέναντι στην [[Εθνική ΛιχτενστάινΛίχτενσταϊν (ποδόσφαιρο ανδρών)|Εθνική ΛιχτενστάινΛίχτενσταϊν]] και [[Εθνική Φινλανδίας (ποδόσφαιρο ανδρών)|Εθνική Φινλανδίας]], ο ρώσος διεθνής παρατάχθηκε στο γήπεδο με την αρχική εντεκάδα. Τον Αύγουστο, ο Ζιρκόφ δέχθηκε τραύμα, το οποίο δεν του επέτρεψε να παίξει στον φιλικό αγώνα με την [[Εθνική Αργεντινής (ποδόσφαιρο ανδρών)|Εθνική Αργεντινής]] (η Αργεντινή νίκησε με σκορ 2:3), ούτε και στους αγώνες με την [[Εθνική ΛίχτενστεϊνΛίχτενσταϊν (ποδόσφαιρο ανδρών)|Εθνική ΛίχτενστεϊνΛίχτενσταϊν]] και με την [[Εθνική Ουαλίας (ποδόσφαιρο ανδρών)|Εθνική Ουαλίας]] (και οι δύο αγώνες έληξαν με νίκη των Ρώσων, 3:0 και 3:1 αντίστοιχα), για τα Προκριματικά του Παγκοσμίου Κυπέλλου Ποδοσφαίρου 2010. Παρά τον τραυματισμό, ο Ζιρκόφ συμμετείχε στον αγώνα με την [[Εθνική Γερμανίας (ποδόσφαιρο ανδρών)|Εθνική Γερμανίας]], στον οποίο οι Ρώσοι ηττήθηκαν με σκορ 1:0. Ο Ζιρκόφ ήταν ένας από τους καλύτερους του αγώνα, αφού κατάφερε να βγάλει από το παιχνίδι τον [[Ζερόμ Μποατένγκ]]. Ο Γιούρι συμμετείχε και στους δύο αγώνες μπαράζ με την [[Εθνική Σλοβενίας (ποδόσφαιρο ανδρών)|Εθνική Σλοβενίας]]. Στον πρώτο αγώνα, είχε μια καλή ευκαιρία για γκολ, αλλά ο [[Σαμίρ Χαντανόβιτς]] απέκρουσε τη μπάλα με τα πόδια. Στον επαναληπτικό αγώνα, στη Σλοβενία, ο Ζιρκόφ αποβλήθηκε από τον αγώνα, λόγω αψιμαχίας, μετά από δεύτερη κάρτα. Ο διαιτητής του αγώνα, [[Τέριε Χάουγκ]], αργότερα δήλωσε ότι δεν είδε ακριβώς τι έγινε και ίσως απόβαλλε κατά λάθος τον Ζιρκόφ.
