Ούτε οΟ Ιωάννης ούτεκαι ο αδελφός του Κωνσταντίνος κατάγοντανδεν καταγόταν από τοεξ αρσενικόαρρενογονίας υποκατάστημακλάδο της αρχαίας οικογένειας των Δουκών, πουη οποία εξαφανίστηκανεξαφανίστηκε μετά από μια εξέγερση κατά τη διάρκεια της βασιλείας του [[Κωνσταντίνου Ζ΄]]. Καταγόταν από τητην εκ γυναικείαθηλυγονίας γραμμή, και η οικογένειά τουτους αρχικά ονομαζόταν "ΔουκιτζήςΔουκίτζης"<ref>Finlay, pg. 16</ref>.
Με τη σύζυγό του [[Ειρήνη Πηγονήτισα]], ο Ιωάννης Δούκας είχε τουλάχιστον δύο γιους:
* [[Ανδρόνικος Δούκας ο ΔουκιτζήςΔουκίτζης|Ανδρόνικος Δούκας]], ο οποίος ήταν ο πατέρας της Ειρήνης Δούκαινας, συζύγου του [[Αλέξιος Α' Κομνηνός|Αλεξίου Α' Κομνηνού]], της Άννας, του Μιχαήλ και άλλων τέκνων
* [[Κωνσταντίνος Δούκας ο ΔουκιτζήςΔουκίτζης|Κωνσταντίνος Δούκας]], ο οποίος πέθανε το 1074. Είχε γιο τον Ιωάννη.
