Η Στόουν γεννήθηκε στο Scotdale της Αριζόνας[[Αριζόνα]] από τη νοικοκυρά Κρίστα Τζιν (Krista Jean) (γεννημένη το 1960) και τον Τζέφρι Τσαρλς Στόουν (Jefrey Charles Stone) (γεννημένος το 1960), ιδρυτή και διευθύνωνδιευθύνοντα σύμβουλοςσύμβουλο μιας γενικής εργοληπτικής εταιρείας. Η Στόουν ζούσε με την οικογένεια της στην 16η τρύπα του Κέιμελμπλακ Ινν ρεζόρτ (Camelblack Inn resort) από την ηλικία των δέκα μέχρι των δεκαπέντε ετών. Έχει έναν αδερφό, τον Σπένσερ (Spencer) , ο οποίος είναι δυο χρόνια μικρότερος. Οι παππούδες από τη μεριά της μητέρας της είναι ο Ντόναλντ (Donald) (1932-1982) και η Τζιν Γέγκερ (Jean Yeager). Ο παππούς της από την μεριά του πατέρα της, ο Κόνραντ Όστμπεργκ Στόουν (Conrad Ostberg Stone), ήταν σουηδικής καταγωγής και το αυθεντικό επώνυμο της οικογένειας του ήταν "Στεν", αλλά μετατράπηκε σε "Στόουν" όταν εκείνος μετανάστευσε στις Η.Π.Α. μέσω του νησιού Έλις (Ellis). Έχει, επίσης, γερμανική, αγγλική, σκωτσέζικη και ιρλανδική καταγωγή. Η Στόουν φοίτησε στο δημοτικό Sequoya και στη συνέχεια στο γυμνάσιο Cocopah για την έκτη τάξη. Έκανε μαθήματα στο σπίτι για δυο χρόνια, στη διάρκεια των οποίων εμφανίστηκε σε δεκαέξι παραγωγές του Valley Youth Theatre του Φόινιξ, συμπεριλαμβανομένων των "Η πριγκίπισσα και το μπιζέλι" και "Η Αλίκη στη χώρα των θαυμάτων" και έκανε παραστάσεις με την κωμική ομάδα αυτοσχεδιασμού του θεάτρου. Οι γονείς της την έστειλαν και για ιδιαίτερα μαθήματα με ένα γηγενή καθηγητή υποκριτικής που είχε δουλέψει στο πρακτορείο του Ουίλιαμ Μόρις (William Morris) τη δεκαετία του εβδομήντα και είχε ακόμα διασυνδέσεις στο Χόλιγουντ. Η Στόουν παρακολούθησε το Xavier College Preparatory, ένα καθολικό λύκειο θηλέων, ως πρωτοετής για ένα εξάμηνο. Έδωσε στους γονείς της μια παρουσίαση στο PowerPoint υπό τον τίτλο "Πρότζεκτ Χόλιγουντ", με μουσική υπόκρουση το τραγούδι Χόλιγουντ (Hollywood) της [[Μαντόνα]] (Madonna) από το 2003, ώστε να τους πείσει να μετακομίσουν στην Καλιφόρνια για να επιδιώξει μια καριέρα ως ηθοποιός. Τον Ιανουάριο του 2004, στην ηλικία των δεκαπέντε, εκείνη και η μητέρα της μετακόμισαν σε ένα διαμέρισμα στο Λος Άντζελες και εκείνη βρήκε δουλειά ως φούρναρης σε ένα φούρνο με σνακ για σκύλους.
