[[File:Nike acroterion from the Hieron in Samothrace I 680.jpg|thumb|Φωτογραφία του ρωμαϊκού αντίγραφου τηςαγάλματος φτερωτής Νίκης τοη οποίοοποία βρισκόταν στηνσε ίδιααέτωμα περιοχή με τοτου πρωτότυποΙερού, και σήμερα βρίσκεται στο [[Μουσείο ιστορίας της τέχνης της Βιέννης]] (''Kunsthistorisches Museum'')]]
Η περιοχή εξερευνήθηκε για πρώτη φορά το 1444,<ref name=":4" /> ωστόσο η ουσιαστική εξερεύνηση ξεκίνησε μετά την ανακάλυψη του αγάλματος της [[Νίκη της Σαμοθράκης|Νίκης της Σαμοθράκης]] το 1863 από τον Γάλλο πρόξενο [[Σαρλ Σαμπουαζό]] (με βάση την [[Αδριανούπολη]]), και λίγα χρόνια αργότερα στάλθηκε Γαλλική αρχαιολογική αποστολή το 1866 η οποία ξεκίνησε ανασκαφές στο χώρο. Ακολούθησαν αποστολές από Αυστρία το 1873 και 1876 οι οποίες έκαναν εκκαθάριση των χώρων του Πτολεμαίου και της στοάς, καθώς και κάποιες ανασκαφές στο Ιερόν, το Αρσινόειο και το Τέμενος.<ref name=":2" /><ref name=":4" /><ref name=":6" />
Τα ευρήματα των ανασκαφών μοιράστηκαν κατόπιν συμφωνίας με την [[Οθωμανική Αυτοκρατορία|Οθωμανική]] κυβέρνηση, έτσι πολλά από τα ευρήματα κατέληξαν στο [[Μουσείο ιστορίας της τέχνης της Βιέννης|μουσείο ιστορίας της τέχνης]] (''Kunsthistorisches Museum'') στη [[Βιέννη]] (όπως για παράδειγμα το άγαλμα μια [[Νίκη της Σαμοθράκης (Μουσείο Ιστορίας της Τέχνης της Βιέννης)|ρωμαϊκό αντίγραφο της φτερωτής Νίκης της Σαμοθράκης]] το οποίο βρισκόταν στηνστο ίδιααέτωμα περιοχή με τοτου πρωτότυποΙερού<ref>{{Cite web|url=https://books.google.co.uk/books?id=bhWWF-ETBe8C&pg=PA6#v=onepage&q&f=false|title=Stones Witness|last=Randall|first=Margaret|date=2007|website=|publisher=University of Arizona Press|page=6|accessdate=}}</ref><ref>{{Cite news|url=http://www.nytimes.com/2004/10/16/us/phyllis-williams-lehmann-91-archaeologist-of-samothrace-dies.html|title=Phyllis Williams Lehmann, 91, Archaeologist of Samothrace, Dies|last=Fox|first=Margalit|date=2004-10-16|newspaper=The New York Times|issn=0362-4331|access-date=2016-03-05}}</ref>), ενώ άλλα στάλθηκαν στην [[Καλλίπολη]] και από εκεί στο [[αρχαιολογικό μουσείο Κωνσταντινούπολης]] κατά τη διαδρομή όμως μερικά από τα κιβώτια με τις αρχαιότητες εξαφανίστηκαν. Ο Σαμπουαζό επέστρεψε το 1891 για να αναζητήσει τα τμήματα της πλώρης του πλοίου επί του οποίου βρισκόταν το άγαλμα της Νίκης της Σαμοθράκης, και κατά την περίοδο αυτή ανακάλυψε το θέατρο του ιερού. Η [[Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή Αθηνών]] μαζί με το [[πανεπιστήμιο της Πράγας]] έκαναν ανασκαφές κατά την περίοδο 1923 με 1927, και ακολουθήθηκαν από τις ανασκαφές του [[Ινστιτούτο Καλών Τεχνών της Νέας Υόρκης|Ινστιτούτου Καλών Τεχνών του πανεπιστημίου της Νέας Υόρκης]] το 1938 οι οποίες ανακάλυψαν το κτήριο του Ανακτόρου, ενώ οι ανασκαφές διακόπηκαν κατά τη διάρκεια του [[Β΄ Παγκόσμιος Πόλεμος|Β´ Παγκοσμίου Πολέμου]].<ref name=":6" />
Το 1956 έγινε μια μερική αναστύλωση της προμετωπίδας του κτηρίου του Ιερού, <ref name=":2" /><ref name=":3" /> ενώ το 2013 ξεκίνησε το πρόγραμμα συντήρησης του συνόλου των μνημείων του ιερού.<ref>{{Cite web|title = Επισκευάζεται και το «σπίτι» της Νίκης της Σαμοθράκης|url = http://www.enet.gr/?i=news.el.article&id=342308|website = Ελευθεροτυπία|accessdate = 2016-02-23}}</ref>
