Ο Αλέξιος παντρεύθηκε δύο φορές. Πρώτη σύζυγός του ήταν η Μαρία Μιλοσλάβσκαγια, την οποία παντρεύθηκε το 1648 και απέκτησαν 13τον [[Φιοντόρ Γ΄ της Ρωσίας|Φιοντόρ Γ']], τον [[Ιβάν Ε΄ της Ρωσίας|Ιβάν Ε']] και άλλα 11 παιδιά, τα περισσότερα βαριά άρρωστα. Η Μαρία απεβίωσε το [[1669]]. Ο δεύτερος γάμος έγινε το [[1671]] με την [[Τάταροι|ταταρικής]] καταγωγής Ναταλία Ναρίσκινα. Με τη Ναταλία απέκτησαν τρίατον [[Πέτρος Α΄ της Ρωσίας (ο Μέγας)|Πέτρο Α']] και άλλα δύο παιδιά.
Διάδοχός του ανέλαβε ο [[Φιοντόρ Γ΄ της Ρωσίας|ΦιόντορΦιοντόρ ΑλεξέγιεβιτςΓ']], μόλις τρίτος στη σειρά διαδοχής ανάμεσα στα άρρενα τέκνα, αλλά ο γηραιότεροςμεγαλύτερος εν ζωή. Δύο ακόμα γιοι του, ο [[Ιβάν Ε΄ της Ρωσίας|Ιβάν Ε΄]] (από τη Μαρία) και ο [[Μέγας Πέτρος Α΄ της Ρωσίας (ο Μέγας)|Πέτρος Α']] (από τη Ναταλία), θα γίνονταν τσάροι αργότερα μετά το θάνατο του Φιοντόρ.
