Το κύριο ζήτημα της Βιολογικής Καλλιέργειας είναι η αντικατάσταση συνθετικών χημικών ουσιών με άλλες που βρίσκονται στη φύση. Αντί συνθετικών φυτοφαρμάκων χρησιμοποιούνται οργανικά φυτοφάρμακα όπως για παράδειγμα το [[Bt]], το [[πύρεθρο]] και η [[ροτενόνη]]. Οι βιολογικοί καλλιεργητές υποστηρίζουν ότι οι συγκεκριμένες οργανικές ουσίες είναι [[βιοδιασπασιμότητα|βιοδιασπώμενες]] και άρα δεν μένουν στο τελικό προϊόν. Αντίθετα υποστηρίζουν, έχοντας στα χέρια τους έρευνες ανεξάρτητων επιστημόνων, ότι πολλά από τα συνθετικά χημικά παραμένουν αδιάσπαστα στην [[τροφική αλυσίδα]] μέχρι τον τελικό καταναλωτή, που είναι ο άνθρωπος. Χαρακτηριστικό παράδειγμα εντομοκτόνου που περνά στην τροφική αλυσίδα αποτελεί το [[DDT]]. Οι μεγάλες εταιρίες της [[Αγροβιομηχανία|αγροβιομηχανίας]] πραγματοποιούν δικές τους έρευνες που αποδεικνύουν το αντίθετο.
