[[File:Muzeum Skanderbega w Kruji 2.jpg|thumb|left|210px|Το Μουσείο Σκεντέρμπεη]]
Κατοικημένη από την [[Ιλλυρία|Ιλλυρική]] φυλήτους τωνΗπειρώτες ΑλβανώνΙλλύριους, το 1190 η Κρούγια έγινε πρωτεύουσα του πρώτου αυτόνομου Αλβανικού κράτους το [[Μεσαίωνας]], του Πριγκιπάτου του Αρβάνου. Αργότερα υπήρξε πρωτεύουσα του Βασιλείου της Αλβανίας, ενώ στιςΣτις αρχές του 15<sup>ου</sup> αιώνα η Κρούγια καταλήφθηκε από την [[Οθωμανική Αυτοκρατορία]], αλλά στη συνέχεια ανακαταλήφθηκε το 1143 από τον ελληνικής καταγωγής Γεώργιο Καστριώτη [[Σκεντέρμπεης|Σκεντέρμπεη]], ηγέτη της Λίγκας του Λέζε, που την υπερασπίστηκε με επιτυχία έναντι τριών πολιορκιών από τους Οθωμανούς, μέχρι το θάνατό του το 1468.
Οι Οθωμανοί ανέκτησαν τον έλεγχο της πόλης μετά την τέταρτη πολιορκία το 1478 και την ενσωμάτωσαν στα εδάφη τους. Μια τροπική εξέγερση το 1906 κατά της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας ακολούθησε η Διακήρυξη της Ανεξαρτησίας της Αλβανίαςπεριοχής το 1912. Στα μέσα της δεκαετίας του 1910 η Κρούγια ήταν ένα από τα πεδία μάχης της σύγκρουσης μεταξύ φέουδων της βραχύβιας Δημοκρατίας τηςσημερινής Κεντρικής Αλβανίας, ιδρυμένης από τον [[Εσάντ Πασάς|Εσάντ Τοπτάνι]], και του Πριγκιπάτου της Αλβανίας. Το 1914 ο Τοπτάνι κατάφερε να καταλάβει την πόλη, αλλά την ίδια χρονιά επανενσωματώθηκε στο Πριγκιπάτο της Αλβανίας από τον Πρενκ Μπίμπε Ντόντα. Κατά τον [[ΒΠΠ|Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο]] ήταν το κέντρο δράσης του αντιστασιακού ηγέτη Αμπάζ Κούπι.
Στην πόλη υπάρχει το Μουσείο Σκεντέρμπεη, μέσα στο Κάστρο της Κρούγιας, και το εθνικό εθνογραφικό μουσείο.
