Η πανεπιστημιακή του καριέρα έληξε στις 27 Αυγούστου 1869 όταν ο Βερναρδάκης αναγκάστηκε σε παραίτηση λόγω συνεχιζομένων φοιτητικών αντιδράσεων (Βερναρδάκεια), τις οποίες ο ίδιος απέδωσε σε συμπαιγνία των πανεπιστημιακών του αντιπάλων και της τότε πολιτικής εξουσίας.
Ο αδελφός του Αθανάσιος Βερναρδάκης πρότεινε δύο φορές, το 1904<ref>[http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/literature/nomination/nomination.php?action=show&showid=422 The Nomination Database for the Nobel Prize in Literature, 1901-1950], nobelprize.org</ref> και το 1905<ref>[http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/literature/nomination/nomination.php?action=show&showid=457 The Nomination Database for the Nobel Prize in Literature, 1901-1950], nobelprize.org</ref> τον Δημήτριο Βερναρδάκη για το Νόμπελ Λογοτεχνίας.
Το 1904 και το 1905 με πρόταση του αδελφού του Αθανασίου (αντεπιστέλλοντος μέλους της Académie de Stanislas, Nancy)<ref>[http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/literature/nomination/nomination.php?action=show&showid=422 οThe ΔημήτριοςNomination ΒερναρδάκηςDatabase ήτανfor υποψήφιοςthe γιαNobel Prize in Literature, 1901-1950], nobelprize.org</ref> και το Βραβείο1905<ref>[http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/literature/nomination/nomination.php?action=show&showid=457 The Nomination Database for the Nobel Prize in Literature, 1901-1950], nobelprize.org</ref> τον Δημήτριο Βερναρδάκη για το Νόμπελ Λογοτεχνίας. <br />
ηΗ γνωμάτευση του αρμοδίου Julius Centerwall, μεταφραστή της Αμαρυλλίδος του Γ. Δροσίνη, δεν βρέθηκε ποτέ <ref>(Βλ. B.-L. Eklund, «The Story of Modern Greek Literature in Sweden», στον τόμο
M. Kupula (επιμ.) και Studies in Honour of Jussi Korhonen, εκδ. Books on Demand GmbH, Ελσίνκι, σελ. 17-42· εδώ, σελ. 37).</ref>Συνεκτιμώντας την δίωξη που υπέστη ο Δ. Βερναρδάκης από πολιτικούς
