Ο ναός γνώρισε μεγάλη συρροή πιστών, λόγω των πολύτιμων κειμηλίων που φυλάσσονταν εκεί και πολλά ήταν τα δωρήματα των πιστών, λόγω των πολύτιμων κειμηλίων που φυλάσσονταν εκεί. Την εποχή του [[Μανουήλ Α'|Μανουήλ τουΑ' Κομνηνού]] και ηγουμένου Ιωσήφ η μονή φιλοξένησε την σεβάσμια εικόνα του Αγίου Δημητρίου από την Θεσσαλονίκη. Μια άλλη εικόνα της Παναγίας από την Παλαιστίνη, έργο του [[Ευαγγελιστής Λουκάς|Ευαγγελιστή Λουκά]], και δώρο στην [[Πουλχερία]] από την [[Ευδοκία|Ευδοκία την Αθηναία]], μεταφέρθηκε εδώ από τον [[Μιχαήλ Η΄ Παλαιολόγος|Μιχαήλ Η' Παλαιολόγο]] μετά τον διωγμότηνεκδίωξη των Λατίνων το 1261. Στον ναό φυλάσσονταν ο λίθος, οεπάνω στον οποίοςοποίο κατά τον θρύλο είχε σμυρνιστεί το νεκρό σώμα του [[Ιησούς|Ιησού]] μετά την καθαίρεσή του από τον [[Σταυρός του Ιησού Χριστού|σταυρό]]. Ο λίθος αυτός φυλάγοντανφυλαγόταν αρχικά στην Έφεσο, και μεταφέρθηκε από εκεί στα ανάκτορα του Βυζαντίου, και τελικά στην μονή του Παντοκράτορα από τον ίδιο τον Μανουήλ.
Στην μονή αυτή ετάφη ο [[Μανουήλ Α'|Μανουήλ οΑ' Κομνηνός]]. Εδώ ετάφησαν επίσης η Ειρήνη, αδελφή του Ανδρονίκου Β' του Πρεσβυτέρου, ο [[Μανουήλ Β'|Μανουήλ οΒ' Παλαιολόγος]], οι δύο γιοι του, [[Θεόδωρος Β' Παλαιολόγος|Θεόδωρος]] και Ανδρόνικος, ο αδελφός του [[Ανδρόνικος Δ' Παλαιολόγος|Ανδρόνικος Δ']] και η Ευγενία-Ειρήνη, σύζυγος του [[Ιωάννης Ζ´ Παλαιολόγος|Ιωάννη Ζ']] και θυγατέρα του Francesco[[Φραντσέσκο IIΒ΄ GattilusioΓκαττιλούζιο]], αυθέντου της Λέσβου.
