Το πρωτάθλημα ήταν χωρισμένο σε 3 γεωγραφικού ομίλους: [[ΛευκωσίαΕπαρχία Λευκωσίας|Λευκωσίας]]-[[ΚερύνειαΕπαρχία Κερύνειας|Κερύνειας]], [[ΛάρνακαΕπαρχία Λάρνακας|Λάρνακας]]-[[ΑμμόχωστοςΕπαρχία Αμμοχώστου|Αμμοχώστου]], [[ΛεμεσόςΕπαρχία Λεμεσού|Λεμεσού]]-[[ΠάφοςΕπαρχία Πάφου|Πάφου]]. Στον όμιλο Λευκωσίας-Κερύνειας συμμετείχαν 16 ομάδες και στους άλλους 15 ομάδες. Σε κάθε όμιλο, οι ομάδες αναμετρήθηκαν αναμεταξύ τους από δύο φορές, μία εντός και μία εκτός έδρας. Πρωταθλήτρια κάθε ομίλου ανακηρύχτηκε η ομάδα που συγκέντρωσε τους περισσότερους βαθμούς. Οι τρεις πρωταθλήτριες ομάδες προβιβάστηκαν στην [[Γ΄ κατηγορία ποδοσφαίρου ανδρών Κύπρου 1987-88|Γ΄ κατηγορία 1987–1988]].
Οι τρεις τελευταίες ομάδες κάθε ομίλου υποβιβάστηκαν στα αγροτικά πρωταθλήματα. Οι ομάδες που τερμάτισαν μια θέση πάνω από τον απευθείας υποβιβασμό σε κάθε όμιλο, έδωσαν αγώνες μπαράζ και η τελευταία ομάδα υποβιβάστηκε στα αγροτικά πρωταθλήματα.
