Η κατασκευή του νέου πύργου ελέγχου εναέριας κυκλοφορίας ολοκληρώθηκε το 1991, καθώς ο υπάρχων πύργος δεν ήταν πλέον σε θέση να επιβλέπει ολόκληρο το αεροδρόμιο. Νέα σήμανση προσανατολισμού σχεδιάστηκε εκείνη τη χρονιά από τον Πάουλ Μάικσενααρ (Paul Mijksenaar).<ref>{{cite web |url=http://www.mijksenaar.com/projects-quicktour/16-amsterdam_airport_schiphol.html |title=Amsterdam Airport Schiphol |year=2009| publisher=Mijksenaar bv}}</ref> Ο έκτος διάδρομος ολοκληρώθηκε σε αρκετή απόσταση δυτικά από το υπόλοιπο αεροδρόμιο το 2003 και έλαβε το προσωνύμιο ''Polderbaan'', με γέφυρα τροχιοδρόμησης να διασχίζει τον αυτοκινητόδρομο Α5. Η απόσταση του διαδρόμου σημαίνει ότι οι χρόνοι τροχοδρόμησης προς και από αυτόν τον διάδρομο μπορεί να ανέλθουν μεταξύ 10 και 20 λεπτών. Απαιτήθηκε, επίσης, η κατασκευή ενός επιπλέον πύργου ελέγχου εναέριας κυκλοφορίας, καθως ο κύριος πύργος είναι πολύ μακριά για να επιβλέπει αυτό το τμήμα του αεροδρομίου.<ref>Schiphol Junior [http://www.schipholjunior.nl/geschiedenis-schiphol/historie.html Geschiedenis Schiphol], article retrieved 21 July 2014.</ref>
Στις 25 Φεβρουαρίου του 2005, μια ληστεία διαμαντιών σημειώθηκε στο τερματικό φορτίουεμπορευμάτων Schipholτου τουΣκίπχολ. Οι ληστές χρησιμοποίησαν ένα κλεμμένο φορτηγό της KLM να αποκτήσουν πρόσβαση στον ελεγχόμενο χώρο του αερολιμένα πρόσβαση. Η εκτιμώμενη αξία των λίθωνδιαμαντιών ήταν περίπου 75 εκατομμύρια ευρώ, καθιστώντας την μία από τις μεγαλύτερες ληστείες διαμαντιών ποτέτης ιστορίας.ref>{{cite web|url=http://www.theguardian.com/world/2005/feb/26/ukcrime.uk|title=Up to £52m in gems stolen in airport raid|author=Rosie Cowan|work=the Guardian|accessdate=26 December [22]2014}}</ref> Αργότερα εκείνο το έτος μιαξέσπασε πυρκαγιάπυρκαϊά ξέσπασε στο κέντρο κράτησης του αεροδρομίου, σκοτώνονταςμε απολογισμό 11 ανθρώπουςνεκρούς και τραυματίζοντας 15 τραυματίες. ΤοΣτο συγκρότημα κρατούσεβρίσκονταν 350 άνθρωποι κατά τη στιγμή του συμβάντος. Τα αποτελέσματα από την έρευνα σχεδόν ένα χρόνο αργότερα έδειξε ότι οι προφυλάξεις πυρασφάλειας δεν ήτανείχαν σε ισχύεφαρμοστεί. ΜιαΞεσηκώθηκε εθνική κατακραυγή, η οποία είχε ως αποτέλεσμα την παραίτηση του υπουργού Δικαιοσύνης DonnerΠιτ Χέιτ Ντόννερ (Piet CDAHein Donner) καιτου δήμαρχοςδημάρχου Χάρτοχ (Hartog) τηςτου HaarlemmermeerΧααρλεμερμέιρ. ΧωροταξίαςΠαραιτήθηκε υπουργόςεπίσης Dekker(η VVDυπουργός )Χωροταξίας παραιτήθηκεΣύμπιλλα επίσηςΝτέκκερ (Sybilla Dekker), επειδή γέννησεαυτή έφερε την ευθύνη για την κατασκευή, την ασφάλεια και τη συντήρηση των κρατικών κτιρίων.
