Διαφορά μεταξύ των αναθεωρήσεων του «Biclustering»

καμία σύνοψη επεξεργασίας
(Δημιουργήθηκε από μετάφραση της σελίδας "Biclustering")
 
 
== Αλγόριθμοι ==
Υπάρχουν ποικίλοι [[Αλγόριθμος|αλγόριθμοι]] biclustering που έχουν αναπτυχθεί ειδικά για τον τομέα της [[Βιοπληροφορική|βιοπληροφορικής]], και περιλαμβάνουν τους: block clustering, CTWC (Coupled Two-Way Clustering), ITWC (Interrelated Two-Way Clustering), δ-bicluster, δ-pCluster, δ-pattern, FLOC, OPC, Plaid Model, OPSMs (Order-preserving submatrixes), Gibbs, SAMBA (Statistical-Algorithmic Method for Bicluster Analysis),<ref>{{Cite journal|title=Revealing modularity and organization in the yeast molecular network by integrated analysis of highly heterogeneous genomewide data|journal=Proc Natl Acad Sci USA|issue=9|doi=10.1073/pnas.0308661100|year=2004|volume=101|pages=2981–2986|pmc=365731|pmid=14973197|vauthors=Tanay A, Sharan R, Kupiec M, Shamir R}}</ref> Robust Biclustering Algorithm (RoBA), Crossing Minimization,<ref name="ahsan"><cite class="citation journal">Abdullah, Ahsan; Hussain, Amir (2006). </cite></ref> cMonkey,<ref>{{Cite journal|title=Integrated biclustering of heterogeneous genome-wide datasets for the inference of global regulatory networks|journal=BMC Bioinformatics|doi=10.1186/1471-2105-7-280|year=2006|volume=2|pages=280–302|pmc=1502140|pmid=16749936|vauthors=Reiss DJ, Baliga NS, Bonneau R}}</ref> PRMs, DCC, LEB (Localize and Extract Biclusters), QUBIC (QUalitative BIClustering), BCCA (Bi-Correlation Clustering Algorithm) BIMAX, ISA, SAMBA και FABIA (Factor Analysis for Bicluster Acquisition).<ref>{{Cite journal|title=FABIA: factor analysis for bicluster acquisition|journal=Bioinformatics|issue=12|doi=10.1093/bioinformatics/btq227|year=2010|volume=26|pages=1520–1527|pmc=2881408|pmid=20418340|author=[[Sepp Hochreiter|Hochreiter S]], Bodenhofer U, Heusel M, Mayr A, Mitterecker A, Kasim A, Khamiakova T, Van Sanden S, Lin D, Talloen W, Bijnens L, Gohlmann HWH, Shkedy Z, Clevert DA}}</ref> Αλγόριθμοι biclustering  έχουν επίσης προταθεί και χρησιμοποιηθεί και σε άλλους τομείς, με τις ονομασίες coclustering, bidimensional clustering, και subspace clustering (ομαδοποίηση υποχώρου).<ref name="madeira-oliveira">{{Cite journal|title=Biclustering Algorithms for Biological Data Analysis: A Survey|journal=IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics|issue=1|doi=10.1109/TCBB.2004.2|year=2004|volume=1|pages=24–45|pmid=17048406|vauthors=Madeira SC, Oliveira AL}}</ref>
{{cite journal
|last1=Abdullah
|first1=Ahsan
|last2=Hussain
|first2=Amir
|title=A new biclustering technique based on crossing minimization
|journal=Neurocomputing, vol. 69 issue 16-18
|year=2006
|pages=1882–1896
|url= http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0925231206001615
|doi=10.1016/j.neucom.2006.02.018
|volume=69
|issue=16–18
}}</ref> cMonkey,<ref>{{Cite journal|title=Integrated biclustering of heterogeneous genome-wide datasets for the inference of global regulatory networks|journal=BMC Bioinformatics|doi=10.1186/1471-2105-7-280|year=2006|volume=2|pages=280–302|pmc=1502140|pmid=16749936|vauthors=Reiss DJ, Baliga NS, Bonneau R}}</ref> PRMs, DCC, LEB (Localize and Extract Biclusters), QUBIC (QUalitative BIClustering), BCCA (Bi-Correlation Clustering Algorithm) BIMAX, ISA, SAMBA και FABIA (Factor Analysis for Bicluster Acquisition).<ref>{{Cite journal|title=FABIA: factor analysis for bicluster acquisition|journal=Bioinformatics|issue=12|doi=10.1093/bioinformatics/btq227|year=2010|volume=26|pages=1520–1527|pmc=2881408|pmid=20418340|author=[[Sepp Hochreiter|Hochreiter S]], Bodenhofer U, Heusel M, Mayr A, Mitterecker A, Kasim A, Khamiakova T, Van Sanden S, Lin D, Talloen W, Bijnens L, Gohlmann HWH, Shkedy Z, Clevert DA}}</ref> Αλγόριθμοι biclustering  έχουν επίσης προταθεί και χρησιμοποιηθεί και σε άλλους τομείς, με τις ονομασίες coclustering, bidimensional clustering, και subspace clustering (ομαδοποίηση υποχώρου).<ref name="madeira-oliveira">{{Cite journal|title=Biclustering Algorithms for Biological Data Analysis: A Survey|journal=IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics|issue=1|doi=10.1109/TCBB.2004.2|year=2004|volume=1|pages=24–45|pmid=17048406|vauthors=Madeira SC, Oliveira AL}}</ref>
 
Με δεδομένη τη σημασία ανεύρεσης τοπικών μοτίβων σε δεδομένα χρονοσειρών (time-series), πρόσφατα έχουν προταθεί διάφορες μέθοδοι για το χειρισμό του προβλήματος biclustering στη συγκεκριμένη περίπτωση των δεδομένων χρονοσειρών [[Γονιδιακή έκφραση|γονιδιακής έκφρασης]]. Σε αυτή την περίπτωση, τα ενδιαφέροντα biclusters μπορούν να απομονωθούν σε εκείνα που περιέχουν διαδοχικές στήλες. Ο περιορισμός αυτός οδηγεί σε ένα υπολογίσιμο πρόβλημα και διευκολύνει την ανάπτυξη αποδοτικών αλγορίθμων εξαντλητικής αναζήτησης, όπως οι CCC-Biclustering <ref name="ccc-biclustering">{{Cite journal|title=Identification of Regulatory Modules in Time Series Gene Expression Data using a Linear Time Biclustering Algorithm|journal=IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics|issue=7|doi=10.1109/TCBB.2008.34|year=2010|volume=1|pages=153–165|vauthors=Madeira SC, Teixeira MC, Sá-Correia I, Oliveira AL}}</ref> και ''e''-CCC-Biclustering.<ref name="e-ccc-biclustering">{{Cite journal|title=A polynomial time biclustering algorithm for finding approximate expression patterns in gene expression time series|journal=Algorithms for Molecular Biology|issue=8|year=2009|volume=4|vauthors=Madeira SC, Oliveira AL}}</ref>
 
== Παραπομπές ==
{{Reflist}}
{{Reflist|refs=<ref name=ahsan> {{cite journal |last1=Abdullah |first1=Ahsan |last2=Hussain |first2=Amir |title=A new biclustering technique based on crossing minimization |journal=Neurocomputing, vol. 69 issue 16-18 |year=2006 |pages=1882–1896 |url= http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0925231206001615 |doi=10.1016/j.neucom.2006.02.018 |volume=69 |issue=16–18 }} </ref>}}
 
=== Επιπρόσθετη βιβλιογραφία ===
56

επεξεργασίες