[[Αρχείο:Bagratuni Armenia 1000-en.svg|thumb|right|550px|Η Αρμενία στοκατά τον μεσαίωνα -– χάρτης της [[Δυναστεία των Βαγρατιδών|δυναστείας Βαγρατιδών]] το έτος 1000 μ.Χ.]]
Στις αρχές του 9ου αιώνα τα πρώην εδάφη των Καμσαρακάνων στην περιοχή Αρσαρουνίκ (Arsharunik) και Σιράκ (Shirak) (οι οποίες συμπεριλάμβαναν το Ανί) ενώθηκαν με τα εδάφη της Αρμένικης [[Δυναστεία των Βαγρατιδών|Δυναστείας των Βαγρατιδών]].<ref>{{cite book | last = Whittow | first = Mark | title = The Making of Byzantium, 600-1025 | publisher = University of California Press | year = 996 | location = Berkeley | pages =213–214 | isbn =978-0-520-20497-3 }}</ref> Ο αρχηγός της δυναστείας, ο Ασότ Μσάτερ (Ασότ ο κρεατοφάγος) (806-827806–827) πήρε το τίτλο του πρίγκιπα ("''ισκχάν"'') της Αρμενίας από [[χαλιφάτο]] το 804.<ref>Garsoian, Nina. "The Arab Invasions and the Rise of the Bagratuni (649-684)" in ''The Armenian People from Ancient to Modern Times, Volume I, The Dynastic Periods: From Antiquity to the Fourteenth Century''. Richard G. Hovannisian (Ed.) New York: Palgrave Macmillan, 1997, p. 146. ISBN 978-0-312-10169-5</ref> Οι Βαγρατίδοι είχαν την πρώτη πρωτεύουσά τους στο Μπαραγκάν, 40 χιλιόμετρα νοτίωςνότια του Ανί, πριν αυτή μεταφέρθηκεμεταφερθεί στο Σιρακαβάν (Shirakavan), 25 χιλιόμετρα νοτιοανατολικά του Ανί. Το 929 η πρωτεύουσα μεταφέρθηκε στο [[Καρς]]. Το 961 ο βασιλιάς Ασχότ ΙΙΙ (953-977953–977) μετέφερε την πρωτεύουσα από το Κάρς στο Ανί. Το Ανί αναπτύχθηκε με γοργούς ρυθμούς κατά την διάρκεια της βασιλεία του βασιλιά Σμπάτ ΙΙ (977-989977–989). Το 992 το Αρμένικο Καθολικάτο μετέφερε την έδρα στο Ανί. Κατά τον 10ο αιώνα ο πληθυσμός της πόλης εκτιμάται σε 50.000-100000–100.000.<ref>The Armenians, Anne Elizabeth Redgate, page 210, 2000</ref> Στις αρχές του 11ου αιώνα ο πληθυσμός ξεπέρασε τις 100.000 και η πόλη απέκτησε την φήμη "«της πόλης με τις σαράντα πύλες"» και "«της πόλης με τις χίλιες και μία εκκλησίες"».
Το Ανί έφτασε την ακμή κατά την μακρά βασιλεία του βασιλιά Γκαγκίκ Ι (989-1020989–1020). Μετά το θάνατό του οι δύο υιοί του μάλωσανήρθαν σε διαμάχη για την διαδοχή. Ο πρωτότοκος γιος ο Χοβχάνες Σμπατ (1020-10411020–1041) απέκτησε το έλεγχο του Ανί και ο νεότερος αδελφόαδελφός του Ασχότ IV (1020-10401020–1040) απέκτησε το έλεγχο άλλων εδαφών της δυναστείας των Βαγρατιδών. Ο Χοβχάνες Σμπατ, φοβούμενος ότι η [[Βυζαντινή Αυτοκρατορία]] θα επιτεθεί στο αδύναμο βασίλειο έκανε τον Βυζαντινό Αυτοκράτορα Βασίλειο κληρονόμο του. Το Ιανουάριο του 1022 ο Πατριάρχης Πέτρος παράδωσε στο [[Βασίλειος Β'|Βασίλειο Β']], ο οποίος ξεχειμώνιαζε με το στρατό του στην [[Τραπεζούντα]], ένα έγγραφο από τον Χοβχάνες Σμπατ με το οποίο θα έπαιρνε ενέχυρο το βασίλειο σε περίπτωση που αυτός θα πέθαινε.<ref>Whittow. ''Making of Byzantium'', p. 383.</ref> Όταν ο Χοβχάνες Σμπατ πέθανε το 1041, ο διάδοχος του Βασίλειου Β' ισχυρίστηκε κυριαρχία στο Ανί. Ο νέος βασιλιάς του Ανί Γααγκίκ ΙΙ (1042-10451042–1045) ήταν αντίθετος σε αυτή την κυριαρχία και πολλές βυζαντινές επιδρομές οι οποίες ακολούθησαν απωθήθηκαν με επιτυχία. Το 1045 μετά την αιχμαλώτιση του βασιλιά Ασχότ της δυναστείας Βαγρατιδών και την υποκίνηση φιλο-βυζαντινώνφιλοβυζαντινών ανάμεσα στο πληθυσμό του Ανί η πόλη παραδόθηκε στον Βυζαντινόβυζαντινό έλεγχο.<ref name="SAE"/> Ένας Έλληνας διοικητής εγκαταστάθηκε στην πόλη.
