Τον Ιανουάριο του 1439 η σύνοδος μεταφέρθηκε στη [[Φλωρεντία]] της Ιταλίας λόγω της πανώλης που ξέσπασε στη [[Φερράρα]] αλλά και λόγω της προθυμίας του ΛαυρεντίουΚὀζιμο των Μεδίκων να χρηματοδοτήσει τις εργασίες της Συνόδου. Για το θέμα του Filioque η διαφωνία συνεχιζόταν τόσο μεταξύ ορθοδόξων και καθολικών, όσο και μεταξύ του αυτοκράτορα και του [[Μάρκος ο Ευγενικός|Mάρκου Ευγενικού]], Μητροπολίτη Εφέσου, κυρίως, που δεν συναινούσε στις δικηγορίστικες ερμηνείες της δογματικής αυτής διαφοράς. Οι ορθόδοξοι τελικά υποχώρησαν και συμφώνησαν στην χρησιμοποίηση της φράσης ''«εκπόρευση δια του Υιού»'' κάτι που οι Λατίνοι που εξελάμβαναν ως «εκπόρευση εκ του Υιού» και συμφώνησαν επίσης και στα πρωτεία του Λατίνου πατριάρχη έναντι όλων των ορθόδοξων πατριαρχών της Ανατολής. Έτσι Ιούλιο 1439 σε επίσημη λειτουργία στο μητροπολιτικό ναό της Φλωρεντίας διαβάστηκαν από ελληνικής πλευράς από τον Μητροπολίτη Νικαίας [[Βασίλειος Βησσαρίων|Βησσαρίωνα]], '''οι Όροι της Ένωσης''',<ref>Ιωάννη Α. Μελισσείδη, «Συνοπτική Ιστορία των Γεγονότων στην Κωνσταντινούπολη κατά την περίοδο 1440-1453», σελ.105-119 κ.ά., εκδ.5η επηυξ. Αθήνα 2004, (Εάλω η Πόλις, Γεωργίου Φραντζή, Εκδ.Βεργίνα), ISBN 9607171918</ref> που έφερε τις υπογραφές των πάντων εκτός από του [[Πατριάρχης Ιωσήφ Β΄|πατριάρχη Ιωσήφ Β΄]] που είχε στο μεταξύ πεθάνει και του Μάρκου του Ευγενικού που αρνήθηκε να υπογράψει καθώς και ο επίσκοπος Ιβηρίας και ο [[Ιωάννης Ευγενικός]] –αδερφός του Μάρκου- διάκονος και νομοφύλακας της μεγάλης εκκλησίας, ο Λακεδαίμονος και ο Σταυρουπόλεως Ησαΐας που έφυγε πριν τη λήξη για να μην υπογράψει. '''«μόνος εφάνη και πρώτον και μέσον καν τω τελεί μάχαιρα μεν δίστομος κατά των επί τω ευγενεί σπόρω των ιερών της Εκκλησίας δογμάτων νόθων και μοχθηρών ζιζανίων»''', όπως γράφει για τον Μάρκο Ευγενικό ο αδερφός του Ιωάννης Ευγενικός, στη βιογραφία του. Οι ορθόδοξοι αποδέχτηκαν το ρωμαϊκό δόγμα ότι το Άγιο Πνεύμα εκπορευόταν από τον Θεό Υιό όσο και από τον Θεό Πατέρα και αναγνώριζαν επίσης το πρωτείο του παπισμού. Σε αντάλλαγμα ο πάπας θα έστελνε δυο πολεμικές τριήρεις και 300 στρατιώτες για την άμυνα της Κωνσταντινούπολης.<ref>ιστορία της ανθρωπότητας από την Unesco, τόμος 13, σελ. 3732</ref>
