Στο Μελισσουργάκι επίσης ανήκει και το παλιό μοναστήρι της [http://exastal.blogspot.gr/2013/02/panagia-vate-melissourgaki-monastiria-mylopotamou.html Παναγίας του Βατέ] ή του Βάτου. Υπήρξε καθολικό παλιάς μονής, που πιθανώς λειτουργούσε από την πρώτη περίοδο της Ενετοκρατίας. Η μονή ανακαινίστηκε πριν την Τουρκοκρατία, περίοδο μεγάλης ακμής του κρητικού μοναχισμού. Το 1624 ο Ιερομόναχος Παχώμιος Καφάτος πραγματοποίησε επισκευαστικές εργασίες στο καθολικό, γεγονός που μαρτυρείται στην επιγραφή του υπερθύρου: «ΜΝΗΣΘΗΤΙ ΚΥΡΙΕ ΤΟΥ ΔΟΥΛΟΥ ΣΟΥ ΠΑΧΩΜΙΟΥ ΙΕΡΟΜΟΝΑΧΟΥ ΤΟΥ ΚΑΦΑ(ΤΟΥ) ΑΧΚΔ’(=1624)» Σύμφωνα με την παράδοση ο συγκεκριμένος Παχώμιος Καφάτος της Παναγίας Βατέ ταυτίζεται με τον Παχώμιο (αγνώστου επωνύμου), που ανήγειρε την κεντρική πύλη της Μονής Αττάλης στο Μπαλί, αν και από πολλούς ιστορικούς αμφισβητείται η ταυτοποίσή τους, γιατί τo μοναστικό όνομα Παχώμιος δεν ήταν ούτε αποκλειστικά μοναστικό ούτε ασυνήθιστο στην Κρήτη. Και δεν είναι καθόλου απίθανο να ζούσαν στο Μυλοπόταμο κι άλλοι μοναχοί με το ίδιο όνομα. Σύμφωνα με τον Νίκο Παναγιωτάκη: «Η Παιδεία κατά την Βενετοκρατία, Κρήτη, Ιστορία, Πολιτισμός» (τόμος Β’, σελ. 185) ο αριθμός των μοναχών στην Κρήτη, αυτή την περίοδο (1600-1650) ήταν 6 - 8.000 και αντιπροσώπευε το ένα δωδέκατο του ενήλικου ανδρικού πληθυσμού. Επίσης η Μονή της Παναγίας στο Μελισσουργάκι, δεν υπήρξε ποτέ εξαρτώμενη από τη Μονή Προδρόμου Αττάλης, αλλά από τη Μονή Ασωμάτων Αμαρίου, στην οποία συναντάμε επίσης ηγούμενο από την οικογένεια των Καφάτων. Σε νοταριακό έγγραφο του 1573 αναφέρεται το Μοναστήρι "της Υπεραγίας Θεοτόκου λεγόμενον Μελισσουργάκι" και ο Ιερομόναχος της μονής Μακάριος Τουρλινός (Τρουλινός) (Θ.Δετοράκης: «Νοταριακές πληροφορίες για τα Ρεθυμνιώτικα Μοναστήρια) Επίσης από το κτηματολόγιο της Μονής Ασωμάτων προκύπτει ότι η Μονή της Παναγίας Βατέ στο Μελισσουργάκι υπήρξε μετόχι της Μονής Ασωμάτων. Ο Εμμ. Γενεράλις, στηριζόμενος στην παράδοση της περιοχής, σημειώνει πως η μονή στο Βατέ ήταν ανεξάρτητο μοναστήρι, με πολλά ελαιόδεντρα και απέραντους ορεινούς βοσκότοπους. Τα κτήματα αυτά υφαρπάχθησαν από τους γενίτσαρους του Κάτω Μυλοπόταμου, γνωστούς ως Σκοτούληδες, οπότε και ολόκληρη η μονή αναγκάστηκε να μετατραπεί σε μετόχι της Μονής Ασωμάτων, σαν ύστατη προσπάθεια να περισώσει τμήματα της περιουσίας της, από την αρπακτική διάθεση των κυρίαρχων Τούρκων. Το σίγουρο είναι ότι επί Τουρκοκρατίας η Μονή Βατέ (ή η Μονή Παναγίας του Βάτου) στο Μελισσουργάκι, λειτουργούσε ως μοναστηριακό μετόχι. Ένας ή δυο μοναχοί από τη Μονή Ασωμάτων διέμεναν εκεί και εναλλάσσονταν ανά διετία για να λειτουργούν το ναό και να επιστατούν στα μοναστηριακά κτήματα. Σήμερα διασώζονται λιγοστά ερείπια, απομεινάρια του μοναστηριακού συγκροτήματος, αφού τα δομικά υλικά (πέτρες. πελέκια) αποψιλώθηκαν από τους κατοίκους των γύρω χωριών για να χρησιμοποιηθούν ως οικοδομικά υλικά. Ο ναός σήμερα είναι κοιμητηριακός.
