Μετά την επιβολή της δικτατορίας των συνταγματαρχών τον Απρίλιο τουΤο 1967 διορίστηκε απο τους δικτάτορες, ύστερα από έγγραφη έκκληση της Ε.Σ.Η.Ε.Α., διετέλεσε υφυπουργός Προεδρίας της ΧούνταςΚυβερνήσεως με σκοπό την επίλυση των σοβαρών οικονομικών προβλημάτων του ασφαλιστικού ταμείου των συντακτών, το οποίο ευρισκόταν υπό πλήρη κατάρρευση. Τα οικονομικά προβλήματα του ταμείου λύθηκαν με τον ισχύοντα μέχρι σήμερα Α.Ν. 248/1967 (ίδρυση Ε.Δ.Ο.Ε.Α.Π. και Ταμείου Υγείας, επίλυση οικονομικών προβλημάτων δημοσιογράφων, εφαρμογή αγγελιόσημου, ανάκτηση πωληθέντος μεγάρου δημοσιογράφων κ.ά.) που συνέταξε ο ίδιος. Ως "δείγμα ευγνωμοσύνης" προς το πρόσωπό του, η Ε.Σ.Η.Ε.Α. αποφάσισε την οριστική διαγραφή του απ΄ αυτήν, διαγραφή η οποία τελικά ανεκλήθη. ΟΕπιπροσθέτως, ο Θ. Φ. Παπακωνσταντίνου διατεινόταν πως, πάλεψε για την άρση της λογοκρισίας του τύπου κατά τη διάρκεια της δικτατορίας - αξίζει όμως να δει κανείς τι έγραψε για την επαμφοτερίζουσα στάση του η εκδότρια της "Καθημερινής" Ελένη Βλάχου στα απομνημονεύματά της. Η λογοκρισία καταργήθηκε αργότερα αλλά προ της παραιτήσεώς του. Στη συνέχεια διετέλεσε υπουργός Εθνικής Παιδείας (1967-1969). Υπέβαλε την παραίτησή του στις 5.4.1969, η οποία έγινε δεκτή στις 18.6.1969, όταν είχε πια αντιληφθεί ότι δεν θα πραγματοποιούνταν οι υπεσχημένες από τη στρατιωτική δικτατορία εκλογές για τη διενέργεια των οποίων πίεζε φορτικά τον Γ. Παπαδόπουλο. Στη συνέχεια, 5 νέες προτάσεις για υπουργεία και οφφίκια απορρίπτονται εκ μέρους του.
